随着医院的发展和国家对于科技发展的投入与重视，现代医院的职能已经不仅仅停留在疾病诊疗，越来越多的综合性医院开始注重医、教、研三项职责的融合，其中科研更是国家和地区医疗卫生发展的一个重要方向。我国医学科研事业已进入一个快速发展的时期，科研实力的衡量也作为一个医院综合实力强弱的重要体现。然而相对于医药卫生领域科研的发展，医院科研绩效评估却停留在一个相对落后的状态，现有的评估方式和指标体系无法真实反映医院各部门科研工作的实际效果，更没有将医院的战略发展目标融入进去，无法对科研团队起到导向作用。　　平衡计分卡（BSC）作为最好的绩效评估工具之一，以组织战略目标为基础和导向，分别从财务、客户、内部流程、学习与成长四个维度建立全面的绩效评估指标体系，同时兼顾定量指标与定性的评价。基于平衡计分卡的医院科研绩效评估体系的建立，不仅能更加科学、全面地评价医院科学研究的过程和成效，更能将医院战略目标体现到指标中作为科研团队的导向，为我国医疗卫生事业的发展增进助推力。　　本文以平衡计分卡作为理论依据，通过文献检索对于国内外医院科研绩效评估的研究现状、平衡计分卡的理论框架进行分析，阐明了现有医院科研绩效评估体系中的不足，并借鉴国内高校和科研机构运用平衡计分卡的经验，为建立基于 BSC的医院科研绩效评估体系奠定基础。本文以S儿童医院为例，阐述了儿科科研发展和政策环境，运用SWOT分析法分析了S儿童医院科研方面的优势、劣势、机遇和挑战，同时通过标杆超越法分别选取国内国外两家在科研发展方面属于领先的儿童医院作为标杆，帮助明确 S儿童医院科研发展的方向与目标。以此为导向，本文运用德尔菲专家咨询法，通过三轮专家咨询确立了财务、客户、内部流程、学习与成长四个维度共计20项指标，每一个指标均根据其与组织战略的契合度、重要程度等赋予不同的权重，为 S儿童医院建立全新的科研绩效评估体系。经过历史数据对基于 BSC的医院绩效评估体系进行模拟运行，本文对其结果进行探讨和分析，以期为医院科研绩效评估体系的建立提供新的思路与理论依据。