公共政策主要针对社会利益，其作用在于平衡国家、社会以及公民三者之间的利益。对于社会利益而言，公共政策对其加以规范，同时帮助实现利益的分配与调整。公共政策的合理制定以及有效执行，既可以实现政府部门的目标，也可以使得广大社会民众的利益得到保障。在执行公共政策时，需要所有参与部门的各负其责、密切配合，才能保障政策的有效落实。但无论是作为公共政策制定和执行者的公共部门，还是作为公共政策目标群体的私有部门，本身都代表了一个利益角色，参与过程便会体现出本部门的利益色彩。当现实中的执行情况遭遇各种梗阻因素，且都与各参与部门有关时，公共政策的执行将受到部门利益的影响，影响程度的大小更难以预料，因此需深入研究部门利益对公共政策执行的影响。税收在我国政府财政收入中占据极其重要的位置，因此，税收优惠这一公共政策必须行之有效的执行。税收优惠政策主要涉及两个主体，一是政府职能部门，也就是政策制定及执行主体，二是政策优惠对象，也就是政策的受众。由于利益因素的影响，导致优惠政策执行时常遭遇尴尬，政策落实距离预期目标存在偏差。如何达成各部门执行层面的高度契合，降低部门利益的消极影响，从而更好地落实税收优惠政策，并借助优惠政策帮扶企业实现更好的创新发展，真正达成政策设计的初衷，这些问题成为理论界和实务界亟须解决的课题。本文主要通过对W市H区研发费加计扣除税收优惠执行情况的研究，提出了以企业、税务、科技、其他四个方面为影响因素的研究指标与假设，并以搜集数据的统计分析为印证，尽可能剖析公共政策执行中各部门利益的影响和原因，使得理论研究具有实践基础。本文对当前公共政策执行相关的文献、研究成果加以归纳总结，在此基础之上结合史密斯模型，深入研究公共政策执行的影响因素。在理论以及实践相结合的研究方法中，从多角度分析公共政策、公共政策执行者以及公共政策目标群体的相互关系及其相互间的影响，研究了这个分析角度上对公共政策执行可能产生的梗阻及偏差，并提出尽量消除部门利益对公共政策执行影响的办法和措施，以便探索出一条能真正体现制定目标、实现高效能执行的公共政策实施途径。