目的：了解2011年-2012年粤东地区重症手足口病病原学流行特点及其与临床的联系。　　材料与方法：　　材料：收集2011年1月至2012年12月汕头大学医学院第二附属医院儿科因手足口病住院治疗的患儿咽拭子588份，并登记患儿年龄、性别、就诊日期、临床表现等临床资料。　　方法：1.应用荧光PCR技术筛查EV71（肠道病毒71型）、CA16（柯萨奇病毒A组16型）及通用型肠道病毒，对荧光PCR筛查结果为通用型肠道病毒阳性的标本再次运用巢式PCR进行扩增，扩增产物行电泳，电泳结果阳性者送检测序确定病毒类型。　　2.结合临床资料分析。　　结果：　　1、588例手足口病患儿中，荧光PCR显示阳性的病例共450例（76.5％），阴性病例138例（23.5%）。450例荧光PCR阳性的病例中，EV71阳性126例，CA16阳性150例，通用型肠道病毒阳性174例，三者的构成比分别是28%、33.3%、38.7%。通用型肠道病毒阳性的174例标本行巢式PCR检测及电泳，电泳阳性的标本送检测序，结果示CA6阳性51例，CA10阳性1例，CA2阳性2例，未分型共120例（多重PCR检测脑脊液鼻病毒阳性2例）。　　2、588例中共有170例的临床诊断是重症手足口病，其中132例病原体阳性（阳性率77.6%）,分离到的病毒分别是EV71阳性64例（48.5%），CA16阳性56例（42.4%），CA2阳性1例(0.8%)，未分型11例(8.3%)。运用多重PCR技术检测出2例病例的咽拭子及脑脊液鼻病毒阳性。418份轻症手足口病例中，病毒阳性率是76.1%（318/418）。　　3、450例阳性病例中，男性患儿361例（61.4%），女性患儿227例（38.6%），对其进行卡方检验，P>0.05,无统计学意义。2011年手足口病流行高峰5-7月份及9-10月份，2012年手足口病的流行高峰期是5-6月份及9月份。2011年除6月份通用型肠道病毒感染率明显高于其EV71、CA16外，其他月份三种病毒感染率最高均为CA16,其次为EV71，通用型肠道病毒最低。2012年8-10月份检出的主要病原体是通用型肠道病毒，CA6在8-10月份阳性率高，尤其是9月阳性率明显高于EV71及CA16。2年的数据均显示3岁以下小儿是手足口病的高发人群。　　结论：　　1、本研究中重症手足口病的主要病原体仍是EV71，而CA16在重症手足口病中亦占有重要地位，所占比例是42.4%。　　2、其它型的肠道病毒如CA2也是重症病例的病原体，鼻病毒也可能是手足口病甚至重症手足口病的病原体。　　3、通用型肠道病毒引起的手足口病病例数正在增加，其中CA6的居首位，虽然这2年的统计数据显示CA6引起的手足口病倾向于轻症，尚未在重症病例中检测出该病毒，但仍应警惕CA6引起的手足口病爆发流行，4、3岁以下年龄组儿童是手足口病高发人群。