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自然发酵酸菜是利用自然界中存在的乳酸菌发酵制作而成,其营养丰富,含有多种乳酸菌,是中国东北地区的特色食品。乳酸菌是酸菜制作过程中的主要菌群,在整个工艺制作过程中起主导作用,加强对自然发酵酸菜中乳酸菌生物多样性的了解,对开发酸菜中的优良乳酸菌资源具有重要的意义。本研究以东北地区自然发酵的酸菜汁为实验样品,分离出247株乳酸菌并对这些菌株进行种属鉴定,进一步加深了对东北自然发酵酸菜中乳酸菌多样性的认识。本研究主要采用16S rRNA基因序列分析、pheS(编码苯丙氨酰-tRNA合成酶α亚基)基因序列分析和rpoA(编码RNA聚合酶α亚基)基因序列分析的方法对分离到的菌株进行鉴定。将分离得到的247个菌株进行16S rRNA基因序列和pheS基因序列测序,其中有236个菌株pheS基因序列测序成功,剩下的菌株进行rpoA基因序列测序。结果表明,247株待测菌株共分布于4个属,其中与21已知种和5个未知种。4个属分别为乳球菌属(Lactococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)和片球菌属(Pediococcus);21个种分别为:Lactobacillus amylotrophicus(L.amylotrophicus)、L.paracasei、L.amylophilus、L.plantarum、L.coryniformis、L.curvatus、L.oryzae、L.malefermentans、L.buchneri、L.nodensis、L.concavus、L.koreensis、L.parabuchneri、L.nenjiangensis、L.nasuensis、L.brevis、L.xiangfangensis、Lactococcus lactis、Enterococcus xiangfangensis、Enterococcus gilvus和Pediococcus parvulus。其中,L.coryniformis为优势种。所鉴定的已知种中有2个属于肠球菌属(Enterococcus)、1个属于片球菌属(Pediococcus)、还有1个属于乳球菌属(Lactococcus)、其余全部属于乳杆菌属(Lactobacillus)。zw163代表的未知种1在16S rRNA基因测序中与L.sharpeae、L.songhuajiangensis、L.pantheris和L.thailandensis处于紧密的系统发育分支;zw152代表的未知种2在16S rRNA基因测序中与L.camelliae和L.nasuensis处于同一紧密的发育分支;zw101和zw326所代表的未知种3和4在16S rRNA基因测序中与L.backii、L.coryniformis和L.iwatensis于紧密的系统发育分支;zw10所代表的未知种5在16S rRNA基因测序中与L.parabrevis亲缘关系最近。本研究增加了人们对酸菜中乳酸菌多样性的认识,且新种的发现扩大了乳酸菌分类体系,使得乳酸菌的分类系统更加丰富。分离保存的乳酸菌菌株资源可用于酸菜工业化生产中发酵剂菌株的筛选。