作为农业高新技术产业的实体，农业高新技术企业是开展农业产业化经营，振兴农村经济、带动农业增长和农民增收的重要载体，也是我国目前经济发展的生力军，正逐渐成为推动农业发展的主体力量和农业国际竞争力的基础，其发展决定了农业高新技术向现实生产力的转化，并影响着农业高新技术的研究和开发。近年来在中央和各级政府的正确领导和支持下，我国农业高新技术企业的发展势头很快，为我国农业迎接国际化竞争做出了突出的贡献，而自身势力也得到迅速增强，并且有一批农业高新技术企业陆续上市，这更迫切地需要企业站在价值管理和战略管理的高度进行管理和运作，从而提升企业价值，加快发展速度，适应和促进国民经济持续、快速、健康的发展。　　本文以平衡计分卡和企业价值评估的相关理论和方法为基础，针对农业高新技术企业高投入、高风险、高无形资产、创新型等特征及其价值评估的特殊性，沿着平衡计分卡的四层维度来甄别影响农业高新技术企业价值的驱动因素，并根据确认的关键价值驱动因素建立农业高新技术企业价值评估的综合指标体系，体系中不但包括传统评估过程中的重要财务因素，还考虑市场客户、企业内部流程以及企业的学习成长能力等方面的非财务因素，并对各个评价指标与企业价值之间的相关性进行了实证分析，确认了各因素对企业价值的影响。运用网络分析法，建立了ANP模型的指标体系和网络结构模型，根据各价值影响因素的重要度建立判断矩阵，并运用Super Decision软件计算加权超矩阵和极限矩阵得出各元素的优先度，从而建立起农业高新技术企业价值的ANP综合评估模型，并以27家农业高新技术上市公司为评估对象，运用基于ANP模型的农业高新技术企业价值综合评估模型对样本公司的企业价值进行评估排序，并将排序结果与传统评估过程中衡量企业价值的托宾 Q值排序结果相比较，比较结果显示，综合评估的结果与传统托宾 Q值排序有一致性同时也存在差异。本文构建的农业高新技术企业价值评估指标体系指导农业高新技术企业运用财务和非财务因素综合评价企业价值，有利于企业从价值管理的角度制定和实施企业战略，实现企业价值最大化。