自广西北部湾经济区建立以来，经济区的高速增长带动了广西各方面产业的蓬勃发展。与此同时，北部湾经济区区域合作的范围和领域也在不断地加大，合作范围越来越广，由原来的南北钦防经济圈扩展为南北钦防玉崇经济区。伴随着经济区域的扩展，其发展也不可避免的出现了国内外经济区在发展中遇到的例如：地区间产业结构趋同、基础设施一体化建设滞后等一系列的问题。这不仅浪费了有限资源而且还严重地阻碍了区域经济的进一步快速发展。　　在全球区域经济一体化的态势下，政府之间如何加强合作，如何促进经济区内的自然联系以及协调地区间的平衡发展等问题，成为广西北部湾经济区政府合作研究的重要领域。本文以北部湾经济区的合作现状分析、合作成效为基础，通过文献分析与实际的合作机制相结合，并借鉴国内外经济区政府合作的先进经验，提出构建紧密组织，加强政府合作力度；完善各类制度，激励政府合作；鼓励公私合作，增强政府财政能力等措施。同时，在现有的合作机制基础下，再构建一些规模、数量适当的合作机构，逐步完善的广西北部湾经济区政府合作机制。