公司治理领域中公司股权分散所引起的股东与管理者之间的委托代理关系，称为“第一类代理问题”。在股权结构高度集中，且大股东控制权和现金流权严重分离的情况下，处于优势地位的大股东和中小股东之间经常出现严重的利益冲突，这时公司治理的主要问题成为大股东与中小股东之间的问题，也被称为“第二类代理问题”。
　　对国内上市公司的股权结构进行梳理，不难发现一些控股股东利用金字塔式股权结构实现控制权与现金流权的分离，并依靠其控制权侵害中小股东利益的现象屡见不鲜。在这些出现严重第二类代理问题的公司中，大股东通过关联交易等方式占用企业发展资金来满足私有收益，从而对中小股东、上市公司侵害是资本市场上一种常见的危害。
　　本文以委托代理理论和技术创新理论为基础，系统地阐述了控股股东两权分离的形成与特征，分析了控股股东两权分离抑制企业研发投入的作用机制，研究了股权制衡和产权所有制在股东两权分离与企业研发投入之间的调节作用，提出以下假设：（1）控股股东通过“隧道效应”、现金股利政策、过度负债三种方式侵吞企业的流动性现金，占用企业的发展资金，从而会减少企业的研发投入；（2）股权制衡是代理问题治理的有效机制，能够限制控股股东控制权、现金流权分离引发的对中小股东利益的侵占，能够削弱两权分离对企业研发投入的负向效应；（3）控股股东股权性质的不同会影响其依靠控制权满足私有收益的动机和能力，对研发投入造成不同的影响；国有企业的所有者缺位和股权不可转让性，减弱了对管理层的监督动力。而民营企业在所有者产权上更明晰，利益归属更明确，相较于国有企业，民营企业控股股东满足其私有收益时会平衡公司的“成长”与“控制”，依靠控制权侵占时所受到的限制更多。
　　本文选取了2012-2017年沪深A股上市公司数据为样本进行了实证分析，结论是：（1）控股股东两权分离与企业研发投入负相关，控股股东两权分离会通过“隧道效应”、现金股利政策、过度负债等方式侵占中小股东利益，占用企业发展资金，减少了企业的研发投入；（2）不同性质的股权制衡与企业的研发投入呈现不同的相关关系，中小股东、管理层持股都呈现削弱控股股东两权分离对企业研发投入的负向效应。中小股东会限制控股股东的侵占行为，而管理层持股并没有和控股股东形成利益共同体，会对控股股东进行监督；（3）民营企业股权性质有利于企业的研发投入，控股股东产权性质对控股股东两权分离对企业研发投入的负向效应没有显著影响。产权性质并没有对控股股东侵占机制如现金股利政策、过度负债有显著调节作用，国有企业的问题更多还是所有者缺位导致对管理层的监管不力。两权分离现象在民营企业中更明显，但大股东也会平衡企业的“成长”与“控制”，不会一味对企业利益进行侵占。