会泽金牛厂磷矿位于上扬子古陆块南部被动边缘会泽—昭通褶—冲带(Ⅳ级)，属滇东九龙—会泽聚磷盆地巧家—会泽—武定成磷区。磷矿赋存于寒武系下统渔户村组地层第三段(ε1y3)，属海相沉积型磷块岩矿床。区内磷矿层产于金牛背斜的两翼，分为关仓箐矿段和大棚子矿段。属上、中、下三层磷矿组成的复式磷矿层，磷矿层呈层状、似层状产出。主要为中低品位矿石。矿体具厚度大，分布较稳定的特征。　　关仓箐矿段矿层走向近于北北东向，倾向88～176°，倾角40～80°。该矿段含矿层平均厚24.03m，矿层平均厚17.58米。矿层厚度沿走向由北向南由于断层影响，有变薄趋势;沿倾向厚度变化稳定。大棚子矿段矿层走向近于正北向，倾向270～310°，倾角20～45°，该矿段含矿层平均厚25.48m，矿层平均厚22.12m。含矿层厚度较为稳定，沿走向、倾向矿层厚度变化小。　　矿区内磷矿石的主要化学成分为P2O5、CaO、SiO2、MgO、Al2O3、Fe2O3、CO2、F，含量占98％以上。矿石品位P2O5一般12.08～34.98％，以Ⅲ品级为主，部分为Ⅱ品级矿石，Ⅰ品级矿石较少。区内中、下矿层P2O5含量较上矿层高，Ⅱ品级矿石主要在下矿层富集。各矿层P2O5含量沿走向较稳定，变化不明显;沿倾向有贫化趋势。　　矿石矿物成分简单，主要以胶磷矿为主，局部含少量的磷灰石;脉石矿物主要有:石英、方解石、白云石、褐铁矿、黄铁矿。矿区内矿石以云基砂屑磷块岩为主。矿石工业类型主要为碳酸盐型磷块岩，矿石结构主要有:鲕粒砂状结构、内碎屑结构、生物碎屑结构。区内磷块岩矿石构造主要以条带状构造、块状构造、条纹状构造为主。　　研究区含磷岩系属开阔台地相沉积，矿层属于潮下低-高能磷块岩、白云岩相沉积。上升洋流作用提供的磷质为区内磷质的主要来源，磷块岩矿床从海洋带来的有限磷质开始沉积（即颗粒的吸附作用和无机聚沉作用），再被潮流的破碎作用及藻类的捕获作用形成颗粒状胶磷矿的堆积，又陆源掺和作用及风化淋滤作用等一系列物理、生物、化学成矿作用协调进行，形成了磷块岩矿床。