近年来,随着我国生态法治的逐步完善,以及各相关部门对自然环境的保护力度加大,在一定程度上有效遏制了自然环境不断恶化的趋势。但是,在流域生态治理领域,由于流域涉及的问题比较复杂,加之生态保护补偿法律制度的不够完善,依然存在环境污染和生态破坏问题,严重阻碍我国经济社会的可持续健康发展。尤其是我国少数民族地区,多处于流域中上游,资源丰富、经济落后,与流域下游发达地区之间生态利益分配矛盾突出,亟待通过完善流域生态保护补偿法律制度,来实现生态保护补偿涉及主体之间的利益均衡,从而构建和谐稳定的发展环境,加快推进生态文明建设。本文以少数民族地区流域生态保护补偿法律制度为研究对象,以清江流域为例,紧扣流域生态价值这一核心理念,力图突破成规,进行制度创新研究。首先对流域生态保护补偿的内涵、性质、类型和特征等核心概念进行了厘定和分析,并对流域生态保护补偿的理论基础进行梳理,包括环境正义理论、外部性理论、整体性理论和法治理论,以全面了解流域生态保护补偿法律制度的基本概况。然后重点以清江流域为例来进行具体分析。通过研究发现,清江流域生态保护补偿存在的问题呈现出多样性:主要包括补偿主体不明、补偿方式单一、补偿标准模糊、补偿力度不够等,而这些问题的原因则是主观因素与客观因素综合导致。主观上是由于政府的事权配置欠妥及法律制度的欠缺;客观上主要是少数民族地区资源保护与开发的矛盾更为突出。要解决上述问题,有必要借鉴国外流域生态保护补偿的先进法律制度,如英美法系中的美国、澳大利亚,大陆法系中的德国和俄罗斯等,这些国家在流域综合性管理、流域资源分配等方面都探索出了有益的经验,体现在主体责任明确、法律体系完善和偿标准统一等方面,这些经验无疑对我国具有启示意义。为此,应从立法价值取向、立法模式、运行机制及具体规则等方面着手来完善少数民族地区流域生态保护补偿法律制度,以更好地推进该地区的生态文明建设。