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本文的贡献在于用分子动力学模型建立了单链DNA穿越纳米孔的软件仿真平台，分析了算法中主要的复杂度来源并作了初步统计分析。从通信信号处理的角度看，单链DNA分子穿越纳米孔时，离子阻塞电流的起伏可以当作通信接收机端的波形，它根源于不同碱基的结构产生的相异的离子阻塞电流效应。因此，用仿真手段建立理想的离子阻塞电流波形，研究波形的统计特性及噪声特性，建立信道模型，则将单链DNA穿越纳米孔的信号检测转化为类似于通信信道内的波形检测问题。