在全球进入知识化、信息化和网络化的21世纪，各国政府和学术界得到的一个基本共识是：科技水平的提高、经济增长的速度和科技投入的强度之间存在极为密切的相关关系。作为一种战略投资，自20世纪90年代开始，无论是发达国家还是发展中国家，都加大了新一轮加大科技投入力度的浪潮，这当然也成为中国的必然选择。第十个五年计划以来，特别是随着“科教兴国”战略的提出和深入实施，各级政府对科技创新的投入力度不断加大，我国科技事业有了长足发展，科技创新与进步对经济发展的贡献越来越大。南京市借助丰富的科教资源与人才优势，城市科技竞争力不断增强。进入“十一五”，地方政府更将科技创新放在经济发展和社会事业进步予以优先保障的重要位置，科技创新逐渐成为政府工作与财政投入的重点和社会关注的焦点。 然而，长期以来，政府财政资金对科技的投入同时存在着投入不足与浪费低效并存、越位与缺位并存的问题。成果研发和成果应用分离，资金管理较为粗放，绩效考评和问责机制薄弱，政府投入的责权利机制不明，由于权力、政治、管理水平、监督机制方面的制度性缺陷，财政科技投入作为公共支出的重要组成部分，效率比较低下，或者说，缺乏有效检验支出效益的工具与方法。这一问题始终困扰着各级政府与学术界。 上世纪二、三十年代开始，西方国家借鉴私营部门的成本控制方法，开始对财政资金使用效率进行绩效评估，八十多年的实践证明，开展绩效评价是解决公共支出低效问题的重要途径。因此，加强财政支出绩效研究，无疑会对我国的公共财政支出管理、财政科技投入管理的理论和实践具有特别重要的意义。 政府科技投入效益评价的核心是强调政府公共支出管理的目标与结果及结果的有效性之间的关系，形成一种新的，面向结果的管理理念和管理方式。本文分析了作为公共支出重要组成部分的政府科技投入进行效益分析的理论和实践意义，阐述了绩效评价基本理论，在回顾国内外研究与实践现状的基础上，从效益分析的制度保障体系、组织体系、指标体系、方法体系和绩效评价分析报告五个方面探讨了南京市科技创新投入绩效评价体系的建立。同时采用绩效评价的基本理论和方法，结合南京市近年来开展专利申请政府资助的实际情况，设计了专利申请资助绩效评价的具体指标，采用历史因素比较法和功效系数法，对公共科技投入的绩效进行了实证分析。在此基础上，提出了公共支出改革、加大基础性、公益性科研事业保障力度、对现有的科研机构事业单位进行分类改革、建立绩效评价指标项目库以及建立绩效信息系统等完善绩效评价体系、提高政府科技投入效益的政策建议。