目前，中国的工业现代化进程不断加快，随着全球经济环境的变化以及我国经济结构调整的需要，工业生产企业进行升级转型迫在眉睫。而自工业化以来，对我国经济发展起支撑作用的是制造业，所以，制造业的转型升级是我国经济结构调整成功的关键。而制造业成功转型升级的核心则是提高企业的技术创新能力。“十二五”规划中明确指出，提高自主创新能力，建设创新型国家，是国家发展战略的核心，是提高综合国力的关键。工业现代化社会的每一个层面越来越要求自主创新力的提高。在科技创新的过程中，研究与发展（R&D）是增强自主创新力的关键环节之一，R&D投入的规模和强度指标通常被认为一个国家或一个企业科技实力和核心竞争力的反映。R&D活动一方面可以使得企业获得新的知识要素，提高自主创新能力；另一方面能够提高人力资本的利用效率，增强企业的技术引进消化吸收能力，间接推动了企业的技术创新和技术成果转化。然而，R&D投入具有公共产品的部分非竞争性和非排他性属性，仅仅由市场机制进行调节，会发生市场“失灵”现象，导致R&D投入不足，不利于经济的快速增长。因此，政府可以通过财政拨款和减免税收等多种方式对企业R&D活动进行资助，鼓励企业进行技术创新和转型升级。　　本研究基于2000-2008年和2009-2014年中国制造业数据，运用面板回归方法，从企业R&D投入和创新产出两个方面，实证分析了政府直接R&D资助和间接R&D资助对企业技术创新的影响。研究发现：政府直接R&D资助和间接R&D资助均显著促进了企业技术创新。无论是直接R&D资助还是间接R&D资助，金融信贷和企业规模均具有显著的正向调节效应，而行业技术水平对资助绩效并没有显著影响，政府R&D资助应具有针对性。除了整体考察政府R&D资助的效果外，本文根据制造业的发展升级过程，将我国制造业29个二位码行业进行分类，具体划分为轻纺工业、资源加工型制造业和电子机械制造业三大类，检验不同类别的产业其R&D资助效果是否有所差别。结果表明：无论是从企业R&D投入的角度还是从企业创新产出的角度，政府R&D资助对三大类制造业均有正面作用，但轻纺工业的资助效果较差，而资源加工型制造业和电子机械制造业的资助效果较好，其中，电子机械制造业的资助效果最好，是轻纺工业的两倍。政府对高端科技产业的R&D资助效果要强于对低端资源型产业的资助，政府应该继续贯彻原有的资助政策，加大对电子机械制造业的R&D资助力度，促进我国制造业的产业升级。