控审分离原则作为现代意义刑事诉讼的基本原则之一,反映着刑事诉讼机制的规律和本质,也为刑事诉讼职能区分理论提供了依据,使得刑事诉讼的控诉、辩护、裁判三大职能的良性互动奠定了基础。控审分离原则是社会发展的产物,在人类社会早期并不存在国家对社会冲突的控制与干预,它随着社会生产力发展,统治阶级对社会的控制能力上升,并且意识到某些行为会危及到统治阶级的统治地位的背景下才产生。此时国家司法权从行政权中分离出来,对犯罪行为的打击从奴隶制私人弹劾式走向国家干预制。从国家干预的这种模式来看,国家作为私人纠纷的裁判者,处于中立地位,在性质上与原被告双方之间都不存在天然的亲和性,这种地位为控审分离原则的确立奠定了基础。控审分离作为刑事诉讼的一项基本原则,有其丰富的理论基础,这些理论包括程序正义理论、程序主体性理论、诉讼职能区分理论等。程序正义理论要求用理性的的眼光审视刑事诉讼控诉和审判之间的关系,并认为法律的正义只有通过诉讼程序的公正才能真正得到实现。程序主体性理论认为犯罪嫌疑人、被告人在刑事诉讼中不能消极地等待国家的追诉,被动地接受法官的审判,而应该享有同国家控诉机关相对等的抗辩能力,不再承担自证其罪的义务。刑事诉讼职能区分是指参与刑事审判活动的诉讼主体在诉讼角色、作用和功能等方面的分工。刑事诉讼中的控诉职能、辩护职能和审判职能之间存在着非常紧密的联系。他们之间必须遵循三个基本原则：分立原则、均衡原则、制约原则。刑事控审分离原则涵义在理论界存在的诸多不尽一致的观点,但控审分离原则的基本内涵不应当仅仅是控诉机关及其人员设置与审判机关及其人员设置方面的分离,更应该包括程序意义上的分离,即在启动程序和程序运行中的分离。按照现代刑事诉讼理念的要求,无论在刑事诉讼立法过程还是刑事司法过程中都需要严格遵守控审分离原则的要求,但是从我国现行刑事诉讼法的立法现状来看,我国现阶段刑事诉讼程序中出现了诸多控审不分问题,例如,我国刑事诉讼程序中公检法三机关之间的关系是相互配合、相互制约的关系,这是一项原则性的规定,也正是基于该项原则性的规定,使得我国刑事诉讼法中存在大量控审不分现象,此其一。其二,刑事诉讼审前程序缺乏司法审查机制中,使得审前程序未能体现控审分离这一原则的要求。其三,在我国,法官庭外调查取证的自由裁量权几乎失去了制约和限制,存在法院的裁判官蜕变成追诉者的嫌疑。其四,由于未对法院的审判对象做明确的限制,使得法院的裁判对象失去了控制,甚至出现法官对起诉书中没有提及的人和事进行裁判的现象,严重违背了“不告不理”的诉讼理念。其五,法院启动审判监督程序同法院居中裁判地位相违背。最后,禁止不利变更原则是控审分离诉讼架构的一个重要保障,但是在我国刑事诉讼法和刑事诉讼程序中未能充分地体现出来。针对公检法三机关之间的关系,建议在将来修改刑诉法时将“相互配合”的关系予以取消。对于我国刑事侦查程序中缺失的司法审查机制,在我国现行的司法制度和体制下,应当采取一些过渡性的改革措施。对于审查起诉程序,鉴于我国现行各法院都有立案庭,所以,建议将我国现行的立案庭改革成为预审庭,弥补我国审查程序中司法裁判者缺失的尴尬局面。对于法官庭外调查取证权问题,建议对我国法官庭外调查取证权予以规范和限制,对法官调查取证权的目的,范围、权力的行使方式以及证据的证明效力问题予以限定。法院作为公正、中立的司法裁判者,其拥有的启动审判监督程序的权力是不合理的,所以建议取消法院启动审判监督程序的权力。最后,世界各国都对不利于被告人的二审程序做了限制,而我国只有被告人上诉的案件才不能适用上诉不加刑,同当今世界的立法进程存在是不相协调的,也使得我国司法实践中存在的诸多侵害被告人权利的做法难以遏制,所以在再次修改刑事诉讼法时完善禁止不利变更原则。当然,我国的司法改革是一项系统工程,刑事诉讼法的再修改也是如此,需要更多的人予以关注,需要全社会的努力。