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丝状真菌的遗传转化是真菌研究领域的热点课题之一，用于丝状真菌遗传转化研究的分子标记获得也是热门的研究领域。YS4108菌(Phoma herbarum)为本实验室采用多种活性追踪方法，从江苏盐城射阳的海底沉积物样本中分离得到的一株海洋真菌。初期研究表明，P.herbarum YS4108能够产生多种有生物活性成份，包括多种抗菌的聚酮，一种抗氧化的夹膜多糖以及一种有免疫调节活性的细胞壁多糖。其成为工业菌株的巨大潜力迫切要求开展对其分子层面的研究。本研究对于P.herbarum YS4108的生长适应性，对淡水鱼类的致病能力进行了实验验证，并选定基于5’-乳清核苷单磷酸脱羧酶的pryG基因作为分子标记，奠定了以分子手段提高菌株有用产物生产能力的基础。同时为了进行基因在其来源真菌中的转化，尝试了化学诱变方法筛选P.herbarum YS4108的pyrG基因突变株。本研究在实验确证了P.herbarum YS4108在各种不同培养条件下(温度、盐度、pH)都具有较强的生长能力，同时对于多种中国主要淡水鱼种无毒害作用；本研究成功克隆、鉴定和分析了P.herbarum的pyrG基因；并以甲基磺酸乙酯(EMS)为诱变剂成功获得了P.herbarum YS4108的pyrG基因突变株。以分离获得pyrG基因和同样来源于P.herbarum YS4108的gpd启动子序列构建表达盒并将其连接到pUC19质粒上，构建表达载体并以电转化方法转入突变株。转化结果表明，筛选平板上长出的转化株尿嘧啶原养型特征都被回复。此结果表明，来源于P.herbarum YS4108的pyrG基因是合适的分子标记，可以取代对环境有害的抗生素标记。基于P.herbarum YS4108在环境上的无害性和经济上的节约性，可以作为大规模工业生产Phoma属产物的工程菌株。