寒体与热体特征性基因筛选及基因表达差异研究

来源 :上海中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:katou1234
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目的:利用基因芯片技术筛选出寒体与热体的特征性基因,研究基因差异表达,从基因水平和基因表达水平上进一步研究阐述寒体与热体的产生机制。   方法:选取Wistar雄性大鼠31只,进行体质筛选,寒体、热体、常体的筛选标准为:用WMY-01型数字温度计连续测量大鼠的两后脚掌掌心温度十天,计算群体的平均掌温,其中后肢掌掌心表面温度较群体的平均温度低1℃以下者为寒体;较自然群体的平均温度高1℃以上者为热体;相当于群体平均温度,上下不超过0.2℃者为常体,每组各筛选出动物3只。分别取各组大鼠的肝脏和下丘脑组织,用Trizol试剂盒进行总RNA抽提来进行逆转录,标记后与大鼠全基因组芯片杂交,用Agilent基因芯片扫描仪分析扫描基因芯片,用Linear&LOWESS方法对数据进行标准化,以log2ratio≥1或≤1(同时满足实验组和对照组的三个生物学重复之间的T检验p值<0.05)为筛选标准,筛选出各组间的差异基因。对芯片上的基因数据进行主成份分析(pca)和聚类分析(cluster),以观察差异基因的分布;对标准化数据进行方差分析,然后做通路的生物信息学分析和GO功能分类分析,来进一步筛选出特征性基因。最后应用RT-PCR技术对其中部分差异基因的表达水平进行验证。   结果:筛选出肝脏中寒体组和热体组之间有显著差异表达的基因31条,表达上调的基因26条,表达下调的基因5条,其中特征性基因2条,即Atp6nl(H+-ATP酶)、Ins2(胰岛素2)。   结论:本实验表明寒体和热体在基因水平和基因表达水平上存在显著差异,并可找出特征性基因,为临床上通过药物或食物调节特征性基因表达水平来改善体质提供了前提条件;为应用基因芯片筛选出合理的体质分型标准,使体质分型更加标准化和规范化提供了思路和基础。
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