丙型肝炎病毒NS5B区基因耐药多态性研究

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目的:分析中国广西地区丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus,HCV)不同基因型NS5B区耐药基因相关变异(resistance associated variants,RAVs)发生率及不同性别间的差异。方法:收集广西医科大学第一附属医院感染科门诊诊治的135例感染HCV的初治患者为研究对象。抽取患者基线时血清样本,抽取2例直接抗病毒药物(Direct-acting antiviral agents,DAAs)治疗后未获得持续性病毒学应答(Sustained virological response,SVR)患者的血清样本,从患者血清中提取HCV RNA,设计并合成HCV NS5B区的特异性引物进行巢式PCR扩增,对未获得SVR的2例患者同时扩增HS5A区片段,所得产物外送上海生工生物有限公司进行NS5B区基因测序,将测序结果与基因库标准株进行比对,分析耐药突变情况,比较未获得SVR患者治疗前后SVR情况。对不同性别间患者的年龄、HCV RNA、ALT和AST采用两独立样本t检验,不同性别患者间的耐药位点变异率采用单因素方差分析,分类资料采用卡方检验,计量资料用均数±标准差表示,计数资料采用百分率表示,P<0.05为差异有统计学意义。结果:(1)入选的135例患者中126例获得完整的NS5B区序列信息,慢性丙型肝炎103例,丙肝肝硬化患者23例,其中GT1b型患者55例,GT3a型患者13例,GT3b型患者20例,GT6a型患者38例。(2)126例扩增成功的患者NS5B区RAVs发生率为46%(58/126),其中单位点突变率为15.1%(19/126),多位点联合突变率为30.9%(39/126)。(3)GT 1b型55例患者NS5B区RAVs发生率为96.4%(53/55),其中C316为94.5%(52/55)、A338为70.9%(49/55)及T19为74.5%(41/55)为主要的变异位点,同时检测到C316+T19、C316+T19+A338等多位点联合突变;GT 3a型患者并未检测到RAVs位点;GT 3b型20例患者NS5B区RAVs发生率为10%(2/20),A421V为检测到的变异位点;GT 6a型38例患者NS5B区RAVs发生率为7.9%(3/38),V494A为检测到的变异位点。(6)各基因型突变率两两比较结果:GT1型和GT3型的突变率比较(96.4%VS6.1%),P<0.05,差异有统计学意义;GT1型和GT6型的突变率比较(96.4%VS7.9%),P<0.05,差异有统计学意义;GT3型和GT6型的突变率比较(6.1%VS7.9%),P>0.05,差异无统计学意义。(7)不同性别间患者在年龄、HCVRNA、AST和ALT方面的差异均无统计学意义(均P>0.05);男性RAVs发生率为60.6%(40/66),女性为58.3%(35/60),比较差异无统计学意义(P>0.05)。(8)慢性丙型肝炎伴肝硬化患者RAVs为78.3%(18/23),高于慢性丙型肝炎患者的55.3%(57/103),P<0.05,差异有统计学意义。结论:广西地区初治型慢性丙型肝炎患者存在较高的NS5B区RAVs发生率,既有单位点突变,也存在两位点联合突变,甚至在GT1b型患者中出现多位点联合突变。GT1b型患者主要的耐药突变位点为C316N、A338V和V321I;GT3a型在本研究中未检测到耐药位点的发生;GT3b型主要耐药突变位点为E237G;GT6a型主要耐药突变位点为V494A:多位点联合突变主要发生在GT1b型患者中,C316N+T19S、C316N+V321I和C316N+T19S+A338V;慢性丙型肝炎伴肝硬化患者RAVs发生率高于慢性丙型肝炎患者;不同性别间基线处RAVs并无明显差别。
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