在中国城市化快速发展的进程中，被征地农民土地权益问题凸显。笔者通过对社会现实问题的分析得出，目前最为突出的关于被征地农民土地权益问题主要集中在两方面：第一，大部分被征地农民得到的征地补偿款相对较少；第二，部分农村妇女特别是“外嫁女”征地补偿权被村民自治组织剥夺，妇女权益得不到有效救济。虽然说造成两大问题出现的原因是多方面的，且目前学者对这些原因也已展开研究，但目前学者的研究多从土地产权制度、征地补偿制度方面进行制度层面的分析，而忽视了其它因素对“征地补偿款”获得多少的直接影响。所以本文从“村民自治”为视角进行分析，发现作为基层群众性自治组织的“村民自治”对被征地农民土地权益的保护上是欠缺的。造成这一问题的原因，主要分为直接原因和根本原因。直接原因包括两方面：第一，有些村委会定位错误，不能完全代表村民利益、维护村民权益；第二，在民主表决机制中剥夺“外嫁女”土地补偿权的情况时有发生：根本原因包括五方面：第一，村民自治立法不完善；第二，村民自治发生异化；第三，民主的缺陷（多数人暴政）；第四，在村民自治下，农民利益诉求机制不够完善；第五，缺乏监督机制。通过对表层原因和深层原因的分析，可以得出要快捷的解决被征地农民针对征地补偿款这一问题的纠纷，并且为了维护农村社会的和谐与稳定，应该完善村民自治立法、准确定位村民自治以防止其发生异化，在村民自治的内容上确定涉及基本权利的事项属于“法律保留”而不能由村民自决；在建立完备的监督机制的同时完善农民利益诉求机制，提高农民在国家政策制定和决策时的话语权，以克服征地过程中农民对政府征地行为缺乏“知情权”、“参与权”；在民主表决机制中，引入“民主协商”程序，以克服民主的缺陷充分保障每个公民的合法财产权利，使基层民主成为维护社会稳定和公民合法权益的保障。