改革开放四十多年来,我国基本形成了与经济社会发展相适应的全方位、多层次的高等教育体系,该体系对我国发展知识经济、促进技术进步和提升全要素生产率起到了积极作用。然而,当前我国高等教育在发展过程中存在着财政资金利用低效、产出导向不明、区域间发展不均衡、不注重绩效管理等问题,制约了高等教育发挥其应有作用。《中共中央、国务院关于全面实施预算绩效管理的意见》中指出要“以全面实施预算绩效管理为关键点和突破口”,“推动财政资金聚力增效,提高公共服务供给质量”,在高等教育领域推行效率评价、实施绩效管理,对我国高等学校主动改进办学质量、提升财政资金使用效率有积极意义。基于以上背景和研究意义,本文首先以人力资本理论、新公共管理理论和委托——代理理论为出发点,从理论上分析提升高等教育财政支出效率的意义;其次从我国高等教育区域间发展现状入手,对比分析了我国高等教育区域间财政投入的规模及结构、产出及效应,以此作为进一步研究的基础。在理论分析和现状分析基本完备的条件下,本文通过2015-2017年我国31个省市高等教育财政支出相关指标,建立三阶段DEA模型,在剔除了环境变量和随机干扰因素的条件下,以学生发展、社会贡献、科研成果等为产出指标,对我国区域间高等教育财政支出效率进行测度,实证结果表明东部地区的高等教育财政支出效率高于中、西部地区,但仍存在支出冗余,同时东、中、西部高等教育财政支出效率均受到环境因素较大影响,在剔除环境因素影响后,各地区的规模效率值和综合效率值出现下降。再次,本文通过对比分析英国、美国及澳大利亚高等教育财政支出模式及效率评价体系,从高等教育经费来源、支出结构、效率评价体系等角度为我国寻求借鉴参考。最后本文提出我国应合理确定高等教育财政支出规模、优化支出结构、加强支出监管以及建立完善的效率评价体系,以提升高等教育财政支出效率、促进教育公平。