本文以秦艽(Gentiana macrophylla Pall.)为研究对象,通过秦艽种子生物学的研究,初步建立了秦艽种子质量检验方法和质量分级标准；通过引发剂种类及引发条件的研究,建立了一种提高种子萌发能力的引发方法；通过对引发过程物质代谢、能量代谢、信号转导等生理和分子指标的研究,探讨了种子引发提高种子活力的机制；以秦艽药用部位为对象,研究了不同年限、不同采收期以及不同采收部位有效成分含量的差异；并初步探讨了不同干燥方法对药材各项理化指标的影响。主要研究结果如下：1.通过研究秦艽种子发芽试验、生活力测定等指标分析,初步建立了秦艽种子质量检验方法；利用制定的检验方法,对24份不同产地的秦艽种子进行质量分析,初步建立了秦艽种子的质量分级标准。2.优化建立了一种秦艽种子的引发方法：引发的种子初始发芽时间提前1-2d,终止发芽时间提前6d以上,种子发芽率增加了15.6%,第6d的发芽势增加了49.5倍,可达75%以上,发芽指数增加了90.6%。3.引发处理影响了秦艽种子内部储藏物质动态,其中葡萄糖、蔗糖含量降低了12.8%、9.6%,可溶性糖、可溶性蛋白、粗蛋白含量升高了1.9%、49.7%、2.6%；脂肪酸中豆蔻酸、木焦油酸甲酯的含量增加了4.9%、9.0%,油酸、亚油酸、亚麻酸、山嵛酸的含量降低了8.1%、8.4%、6.7%、6.7%。4.引发处理改变了秦艽种子内能量、代谢相关酶及内源激素水平,降低了引发种子电导率,提高了种子内部酸性磷酸酶、异柠檬酸裂解酶活性的活性；种子内部ABA含量降低了64.9%,GA含量升高21.6倍；ATP含量增加了2.17倍；线粒体内COX、MDH活性分别增加了68.1%、72.3%,同时,增加了抗氧化系统中的CAT、SOD、APX、GSH、GSH/GSSG、GR、ASC的酶活性。5.通过蛋白组学研究,找到了差异在1.5倍以上的13个蛋白差异点,其中有6个已经确定名称的蛋白分别为硫氧还蛋白H、翻译起始因子、谷胱甘肽过氧化物酶、丙酮酸脱氢酶E1组件单元、UDP葡萄糖焦磷酸化酶、热休克蛋白70,与种子内糖、蛋白、淀粉调控、生物生长发育、衰老及环境抗性相关。6.建立了有关秦艽种子的Unigene库,该库中unigene有81492条,其中35722条于NR、Swissport、COG、CO、KEEG数据库中得到基因功能注释信息,为研究秦艽提供丰富的分子基础。通过引发种子的转录组数据分析,得到了H2O、FeSO4引发与对照相比较存在的差异表达基因,分别为914个和2050个,这些差异基因分别涉及20、23个COG功能分类,40、49个GO分类,66、90个代谢途径。通过基因功能注释,进一步从中筛选出因FeSO4引发导致的,与物质代谢基因调控有关的酶36个,与能量代谢基因调控有关的酶3个,与抗性基因调控有关的酶5个,与激素代谢基因有关的酶7个。7.秦艽单株植株根、茎、叶、花的干物积累和有效成分含量(马钱酸、獐牙菜苦苷、龙胆苦苷、獐牙菜苷)会随着生育期和生长年限的变化而变化；三年生植株干物质量、有效成分含量要高于两年生。两年生、三年生花中,龙胆苦苷含量分别为7.47%、7.54%；獐牙菜苦苷分别是同一生长年限枯萎期根中含量的1.98、2.25倍,獐牙菜苷为7.15、4.28倍,马钱酸含量占87.0%、42.4%。。8.通过药材干燥方法比较分析,真空冷冻干燥和40℃恒温烘干方法,秦艽药材可溶性糖、粗蛋白含量较高；容积密度较低、孔隙度较高；色泽更接近于鲜样的颜色；最大限度的减少了有效成分龙胆苦苷含量的损失,提高了马钱酸、獐牙菜苦苷、獐牙菜苷在干燥样品中的含有量。