顺治三年,清军入闽,武力推行“剃发”、“易服”等民族压迫政策,在福建激起了大范围的抗清斗争。康熙十三年,靖南王耿精忠发动叛乱,福建再次陷入动荡之中。此外,郑氏集团与清廷在福建沿海地区长期对抗,至康熙二十二年才投降归顺。其间,福建社会秩序混乱,军队扰民严重,生产遭到严重破坏,致使民生凋敝,百姓困苦不堪。尤其是迁界禁海政策使得沿海百姓尽失故业,流离失所。为了稳定福建社会,恢复民生,从根本上巩固统治,清廷采取了一系列治理措施,如整治军纪、减免赋税、招徕离散百姓恢复生产、宽免“从逆”平民、稳定米价、赈济灾民、开海展界等。其中,对军队扰民的整治,有效地调节了“军民关系”,安抚了百姓;对赋税的减免直接惠及了百姓,对灾乱之后生产的恢复起到了积极作用;开海展界,使得沿海百姓返回故里,重操旧业,恢复了生产。总之,这些措施对福建民生的恢复起到了积极有效的作用。为了稳定福建政局,加强统治,清廷对政务、军务进行了积极有效的治理。其中包括加强文武官员的选任、严明文武官员的赏罚、选派部院官员赴闽督办地方事务、加强福建文武官员协调等。在官员选任上,清廷重真才实干,大量选用汉军旗人充任总督、巡抚等重要职位。在官员奖惩上,严明赏罚,同时不失灵活。督办军需钱粮、开海展界、招降郑氏集团,安插投诚人员等诸多事务,清廷均派部院官员赴闽督办,保证了清王朝政策的贯彻实施。针对文武官员多有不和的现象,清廷及时干预与协调。总之,清廷对政务、军务进行了积极有效的治理,加强了对福建的统治。