温度胁迫下稀杯盔形珊瑚转录组测序及分析

来源 :广东海洋大学 | 被引量 : 5次 | 上传用户:ocean0228
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全球气候变化导致的珊瑚白化和死亡现象,严重影响了海洋生态系统的平衡,已经成为世界最广泛关注的问题之一,如若情况继续恶化,将会给人类带来不可估量的损失和灾难。珊瑚礁生态系统在海洋生态系统中起着重要的作用,但到目前为止,人们对珊瑚白化的机制和机理知之尚少。为了更好的了解珊瑚在温度胁迫下表达调控规律和分子机制,本研究以广东徐闻珊瑚礁国家级自然保护区较为常见的盔形珊瑚属(GalaxeaOken)中的稀杯盔形珊瑚(Galaxea astreata)为研究对象,应用Illumina HiSeqTM2000高通量测序技术对不同温度胁迫下的稀杯盔形珊瑚进行转录组测序,并利用生物信息学知识对其进行相关的分析,结果如下:1稀杯盔形珊瑚在温度胁迫12h后发现,对照组即正常温度组的(27℃)珊瑚触手全部伸展且生活状况良好;高温组(35℃)和低温组(14℃)珊瑚的触手都已全部完全缩回,部分珊瑚出现很明显的变白现象,有些甚至已经死亡。2通过Illumina HiSeq TM2000测序,三个样本总共获得135,781,662条reads(短序列),经过组装共获得94,002条基因。通过功能注释共得到42,240条注释基因。其中,41,124条基因注释到Nr(Non-redundant,非冗余)数据库中,17,284条基因注释到KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,京都基因与基因组百科全书)数据库中,17,119条基因注视到COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins,蛋白相邻类的聚簇)数据库中,31,810条基因注释到Swissprot数据库中。3对三个样本进行两两差异基因的比较发现常温组与高温组对比上调基因数为4,891,下调基因数为14,949;常温组与低温组对比上调基因数为4,201,下调基因数为8,956;高温组与低温组对比上调基因数为5,896,下调基因数为11,450。4从转录组数据中选取功能注释分别为Hsp40和Hsp70的两个基因,通过基因克隆的方法对其基因序列信息进行验证,结果发现克隆所得两基因序列与转录组测序所得序列基本一致;同时,下载NCBI数据库中已有稀杯盔形珊瑚的基因序列,与转录组数据经本地blast比对后发现两者序列基本一致。说明转录组测序所得基因序列信息准确,可以用于后续研究。5随机选取5个基因(Hsp40、Hsp70、Hsp90、Fe与Cu ZnSOD),通过实时荧光定量PCR技术,对转录组数据中基因表达量进行验证,结果显示:在温度胁迫12h后,高温胁迫组(35℃)相对于常温组(27℃)五个基因表达量均上升,与转录组测得的基因表达量一致;而低温组(14℃)与常温组(27℃)相比较发现两个基因(Hsp90与Fe基因)的基因表达量与转录组结果不一致,其余的三个基因(CuZnSOD、Hsp40、Hsp70)表达量与转录组结果一致。整体来看,转录组测序数据准确,可以用于后续研究。
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