随着我国农业经济的不断发展，“农业、农民、农村”问题已经成为国民经济发展的关键，近年来，农村合作社的出现真正给农民带来了收益，而“农超对接”是农村合作社实现跨越式发展的机遇。现如今，“农超对接”已经成为我国农产品在城市与乡村等地日常食品流通的重要形式，“农村合作社+配送中心+超市”模式是我国当前农超对接最具代表性的模式之一。近年来我国农村合作社、配送中心以及超市业发展非常迅速但也出现了关键的效率提升与利润分配不公等问题迫切需要解决，其中之一的关键点是如何建立这些涉农企业之间的合作与协调机制。要实现这个目标，在农产品供应链内部建立(或设计)合作联盟是一种有效的管理方法，其中合理的利润分配与协调激励机制设计是一个关键性的研究课题。首先，本文研究了由农户、农村合作社和配送中心组成的农产品供应链上游系统，构建了这个系统内农业合作社间的Jackson网络合作博弈模型。其次，本文又研究了由1个配送中心和n个超市构成的农产品供应链下游系统，构造了它们之间的合作博弈模型，通过配送中心对这n个超市配置库存资源：专项使用库存与共享使用库存，并表明这能够有效地提高配送中心与各个超市的利润。与此同时，我们分别地利用Shapley值、加权Shapley值和Owen值对供应链系统中各个涉农企业进行合理的利润分配，并期望提供农产品供应链的合作与协调的激励机制设计。本论文通过建立数学模型，期望能够提高整个农产品供应链及其各个涉农企业的全局与局部利润，实现农产品供应链系统协调与激励的机制设计。本文的结果将为我国农超对接下农户、农村合作社、配送中心及其超市管理提供重要的理论依据与技术支撑。