沿海港湾城市一直以来是人口流动、能源消耗、人地矛盾突出的集中地区,随着工业化、城镇化和全球化的推进,全球人口、资源、环境之间矛盾的日益加剧,沿海港湾城市生态经济系统正处于一个快速变化的特殊时期,如何利用科学的方法评价其发展的可持续能力,客观了解其系统运行的状况一直以来是值得研究的重大问题。首先,本文在简要概述国内外区域可持续性评价方法的基础上,通过对现有近200篇能值文章进行逐个分析,阐述了能值分析发展历程和所存在的优缺点,同时着重分析了能值分析理论与方法在区域可持续性评价上的现实意义和优越性。然后,系统详细地介绍了区域生态经济系统能值分析方法的过程和具体步骤,针对国内沿海港湾城市生态经济系统的特点,建立了能切实反映沿海港湾城市生态经济系统运行机理的能值综合评价指标体系。接着,以国内典型沿海港湾城市——厦门市为研究对象,从社会、经济、自然与环境子系统角度对厦门城市生态经济系统进行了1990～2006年长达17年的能值动态评价,以期了解厦门城市系统发展运行的历程和状况,并将厦门城市生态经济系统的能值现状指标与国内其他大中城市进行了比较分析,从中发现厦门市存在的优势和缺陷。最后,借助SPSS软件中的回归模型,将厦门2006年的各项能值指标与时间进行了回归分析并探讨了其城市生态经济系统未来20年发展运行趋势和问题,并据此提出厦门市可持续发展的对策建议,以此案例分析过程为基础,找出沿海港湾生态经济系统的共性,提出了沿海港湾城市生态经济系统走可持续发展之路的宏观政策和相关建议。