民间信仰是中国东南地区社会人文的重要组成部分。东南民间“万物有灵”的自然崇拜与“好巫尚鬼”的救生巫神崇拜内涵中有诸多不同于中原北方汉人民间信仰的特异现象。长期以来,东南地区民间信仰的特异现象并没有得到应有的关注,多数学者认为它们是中原华夏、汉民族的宗教文化传播到东南之后变异的结果。然而,随着考古所揭露的东南土著民族原始宗教内涵的不断认识,我们注意到,现代东南“汉民”社会民间信仰中的这些特异现象与史前、先秦东南土著原始宗教的诸多内涵相同,二者有一脉相承的关系。近现代东南土著后裔各族群的民族志资料也显示,其传承于土著先民的传统宗教文化与东南“汉民”社会民间信仰文化有着不容忽视的共同性,它从一个侧面证明,东南民间信仰有着深厚的土著文化基础。东南民间信仰土著性问题的提出突破了汉文化一统演化论的视野,从跨文化的角度考察民间信仰文化,通过考古学、历史学、民俗学、人类学的整合研究,在纷繁复杂的东南民间信仰文化中区分土著越人的基层文化与客来汉人的上层文化,追溯从土著的“万物有灵”和“好巫尚鬼”到东南“汉”人复杂多样的自然崇拜和发达的“救生”神灵的历史过程,理顺其传承与变迁,构建从土著越人原始宗教到东南“汉人”民间信仰历史发展的知识框架。首先,以考古发现与文献记载相结合的方法,分析先秦两汉时期百越先民鸟、蛇、青蛙、虎、水生物、天空、太阳等自然图腾崇拜,以及鬼魂信仰与原始巫术相结合的宗教文化内涵,探索东南民间信仰的土著宗教基础。其次,以民族志材料为主,结合田野调查与历史文献资料,研究东南土著后裔畲、黎、壮、高山族等各族群的传统宗教内涵,分析其传承于土著先民的鸟、蛇、青蛙、盘瓠、水生物、太阳、树木、石头等自然图腾崇拜,以祖先鬼、祖先神为核心的鬼神信仰和沟通人神的巫术,从一个侧面探讨东南民间信仰文化的土著文化来源。再次,东南“汉民”社会民间信仰文化的“地层学特征”的分析,以人类学的民间信仰文化分层理论为指导,研究东南“汉民”社会的民间信仰不同内涵的来源、性质,分析不同类型的族群文化特征,从民族史角度看待民间信仰的历史与文化分层,并分析文化分层的原因。最后,探讨东南民间信仰中土著宗教文化传承的“人地关系”,分析史前土著原始宗教到现代土著后裔各族群传统宗教、东南“汉人”民间宗教信仰文化传承、变迁以及分层存在的特征,从而揭示东南民间信仰的基层和主体文化与东南土著民族原始宗教一脉相承的文化史实。