原核生物趋向性反应的系统生物学研究

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对外界环境感知并指导自身的运动是生物最基本的技能之一。本文采用微流体技术和系统生物学建模结合的方法,定量研究了大肠杆菌对时空变化浓度场的趋化响应,以及趋磁螺菌在不同磁场强度和氧气浓度的趋磁及趋氧反应。本文的研究深化了对趋向行为机制和原理的理解。  首先,在微流系统中构造了时间周期性变化、空间梯度分布的浓度场,以研究大肠杆菌群体的趋化响应。实验中发现,细菌群体的响应强烈依赖于外界小分子震荡的频率:小分子震荡频率低时,细菌群体的相位与小分子相同;但是当外界信号频率高时,群体震荡与外界信号相位相反,表现为寻找“不利”的环境。这种行为不能被经典趋化模型KS模型描述。而当将甲基化造成的延迟引入KS方程,即将信号通路考虑进群体水平模型后,模拟的结果与实验结果符合得更好。这是第一个在时空变化环境中进行的趋化反应研究,新建立的模型参考了细菌自身的信号传导通路,比之前的模型更具普适性。  另外,通过在芯片上建立对气体浓度的精确控制,微好氧的趋磁螺菌Magnetospirillum magneticum AMB-1对磁场的响应得到研究。单细胞跟踪发现,双极生鞭毛的AMB-1有三种运动状态,在较低强度的磁场强度下,细菌通过调节三种运动状态的时长和比例实现对磁场的主动感应。而在较高的磁场强度下,细菌表现为被动地与磁场方向平行排列。实验结果解决了30年以来关于趋磁行为是主动还是被动的争论。通过基因敲除实验确定了唯一的MCP类型的趋磁受体Amb0994,该受体参与将机械信号转变为化学信号并传递给鞭毛马达蛋白。这是第一个对趋磁行为的定量研究,首次提供了趋化网络参与趋磁行为的确切证据。
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