本文针对绩效评价中存在构建指标体系依靠主观推断选取、删除指标或直接借鉴他人指标体系问题,单一评价方法不能准确评价且使用不同组合评价方法存在差异性等问题,提出基于聚类分析和非参数检验的结合方法,创新构建新指标体系,并提出了基于五维度绩效组合评价方法,最后设计了基于该方法的系统。通过实证分析,得出以下结论:(1)运用聚类分析和非参数检验进行构建指标体系,删除了 8个具有重复性、相对效果不好的指标,留取的15个指标比初选的指标体系更为精简、有效、实用,同时没有丢失评价能力,为进行评价打好了基础;(2)使用单一方法对其进行绩效评价的结果存在一定的差异,说明仅使用一种方法,或者没有使用组合评价方法的情况下,单一评价方法存在缺陷(如对于亚盛集团,三种方法的评价都为7,而敦煌种业两种为3,一种为11),因此有必要对其进行组合评价;(3)进行事前事后一致性检验,事前检验中显著性为0.015,保证了组合评价方法能够运用在单一评价方法的结果上,事后检验中显著性为0.000,确保了组合评价结果的合理性及有效性,因此进行事前事后一致性检验是不可缺失的;(4)使用组合评价结果综合了多种单一评价方法的结果,每种组合评价的结果基本相同(如敦煌种业4种评价为3,一种为5,对于新农开发则一致为2),比单一评价方法分析更深入,具有更为可靠的评价能力;(5)在组合评价的基础上设计基于C#、SQL serve2017数据库的农业上市公司绩效组合评价系统,能够大大提升对农业上市公司的评价效率,同时减少人工评价的主观性,保证评价结果的公正。