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目的：本实验运用PCR直接测序法和克隆测序法，对赤水金钗石斛(Ddendrobiumnobile)rDNA(核糖体DNA)ITS区(内转录间隔区)进行序列测定与分析，探讨赤水金钗石斛在ITS片段上的遗传特征，以期提高赤水金钗石斛在分子水平的鉴定标准。
方法：(1)应用改良CTAB法提取50株赤水金钗石斛的总DNA。(2)利用石斛属特异引物，对赤水金钗石斛ITS序列扩增。(3)凝胶回收试剂盒回收纯化ITS序列，并送公司测序。(4)以回收纯化的ITS序列作为目的基因，PMD18-T为载体，作T-A克隆，通用引物作为测序引物。(5)用ClustalX1.83软件对测序结果进行对位排列，并用MEGA3.1对所得测序结果进行系统发生分析。
结果：(1)改良CTAB法提取的金钗石斛基因组DNA分子量约23kb，电泳条带无拖尾，紫外检测OD<,260/280>比值是1.52～1.75，符合PCR模板的要求。(2)PCR所得ITS序列约为750bp，电泳条带清楚单一。(3)回收纯化所得金钗石斛ITS序列紫外检测OD<,260/280>大于1.7，电泳条带清晰，与Marker对照在6mm点样孔中含量可达100ng以上。公司直接测序结果为700～750bp.(4)载体与目的基因连接后，提取所得的重组质粒电泳条带约在3000bp处；再通过质粒PCR，菌落PCR做鉴定，发现其电泳条带均在750bp处，克隆测序结果为750～800bp，说明克隆成功。(5)直接、克隆测序结果：赤水基地栽种金钗石斛ITS序乒列(包括ITS1，IFS2与5.8S)完全一致；野生金钗石斛样品ITS序列一致。通过与Genbank登录的金钗石斛ITS对照，ITS1与ITS2序列的起止范围分别为1～23lbp和395～636 bp。我们实验发现在金钗石斛种内群体之间ITS区中，ITS2和编码5.8SrRNA基因区的序列完全相同，而在ITS1区存在碱基差异。实验证实：克隆测序与直接测序结果基本一致，仅有一株赤水金钗石斛栽种株(编号11F07j027296(3)PF)在12位为A，可能为细菌扩增过程中产生了基因突变。测序结果提交Genbank，序列号为：EF618732。(6)根据ITS序列特征以邻接法构建了系统树，在遗传距离0.0005处，可将七个不同地区的金钗石斛分为六个聚类群，其中云南丽江和海南金钗石斛聚在一枝，赤水金钗石斛栽种株和野生株聚在一枝。
结论：金钗石斛ITS1序列基因多态性比ITS2序列更显著；本试验结果为赤水金钗石斛提供了新的分子依据；也为金钗石斛的物种鉴定补充了新的遗传数据。