在2009年所爆发的H1N1流感疫情中,全国有多例病毒患者或疑似患者出于自身保护的目的而隐瞒病情,不主动与防御部门联系,最后造成疫情进一步扩散的严重后果。这类案例背后所暴露出的实质是隐私权和知情权在突发公共卫生事件中所产生的冲突问题.突发公共卫生事件包括但不仅仅只包括突然发生,造成或者可能造成社会公众健康严重损害的重大传染病疫情。但是隐私权和知情权之间的冲突在重大传染病疫情中表现得却最为突出和明显。以2003年爆发的非典疫情和2009年爆发的H1N1流感疫情为研究背景,通过对隐私权和知情权的分析可以认定在突发公共卫生事件中这两种权利不仅是现实存在的,并且具有其专属的本质、特征和内容。而隐私权和知情权在突发公共卫生事件中实际上是此消彼长,互相冲突的。其冲突产生的主要原因在于权利间利益的矛盾、权利主体价值观的差异以及现实法律的不完善。而冲突的具体表现则可以分为两种：一是个人隐私权和行政知情权之间的冲突；二是个人隐私权和个人信息知情权之间的冲突。事实上,要解决这种矛盾并不是无章可循。首先可以以利益衡量的原则为前提,结合公共权利优先和权利协调一致两个原则来对冲突进行协调。其次是完善《突发公共卫生事件应急法》及相关法律法规。这主要包括三个方面：一是以一般隐私权和知情权的法律完善为前提,明确规定两种权利的界限。二是将突发公共卫生事件中的隐私权分为一般隐私权和特殊隐私权,并给予不同程度的保护。三是要明细突发公共卫生事件中的知情权的权利主体,行使范围和方式。