渝西乌鸡是优质肉鸡新品系，但种鸡产蛋率低，在选育具有良好的产肉性能的种鸡时，适当提高产蛋率，可以提高种鸡繁殖性能和经济效益。传统的利用表型值的选育方法花费大，受环境影响大，而分子标记不仅不受环境的影响，通常为共显性，还能对数量性状位点进行连锁分析。随机扩增多态性DNA（Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD）和微卫星分析是目前常用的寻找分子遗传标记的两种方法。本研究用微卫星和RAPD两种方法，对渝西乌鸡慢羽系180个个体的基因组DNA进行分析，并采用最小二乘法将微卫星和RAPD分析结果与试验鸡的产蛋性能进行相关分析，期望找到适合该品种选育用的分子标记。首先对影响RAPD扩增条件的主要因素进行优化。通过正交试验，探索扩增反应的最适条件，考查的因素为Mg²⁺终浓度、退火温度、延伸时间和循环次数，每个因素3个水平。分别以15份渝西乌鸡基因组DNA为模版，对所有26个随机引物的扩增条件进行筛选，以扩增产物经琼脂糖凝胶电泳出现清晰可辨认条带为最适扩增条件。结果发现，10个随机引物能够扩增出合适片段大小（100-2000bp）的条带，其中，5个随机引物的扩增产物具有多态性。用出现多态性条带的5个随机引物对全部180只渝西乌鸡进行RAPD分析，分别计算遗传相似系数与遗传多样性指数，判断渝西乌鸡群体的整齐度。根据各引物多态性条带的有无将180只鸡分为两组，用最小二乘法对两组鸡的生产性能进行比较。结果没有发现与产蛋率有关的条带，但发现条带S87-Ⅲ与条带S98-Ⅰ与蛋重显著相关（P＜0.05）。根据5个多态性随机引物的扩增结果，分别对180只鸡RAPD标记进行基因型的分型。S108标记因有3个基因型仅出现一个个体，不能做最小二乘分析。其余4个随机引物各基因型鸡的产蛋性能用最小二乘法进行比较，结果发现，各基因型鸡的产蛋率、蛋重和体重等的最小二乘均值间均存在显著差异。其中，S87标记B型与F型鸡的产蛋率差异显著（P＜0.05），C、E与F型鸡的蛋重差异极显著（P＜0.01）；S98标记D、F、L型与E型鸡的产蛋率差异显著（P＜0.05），E与H型鸡的蛋重差异显著（P＜0.05）；S102标记的G与D型鸡的蛋重差异显著（P＜0.05）；S113标记G、F型鸡的产蛋率显著低于A型（P＜0.05），D型鸡的产蛋率极显著的低于A型鸡（P＜0.01）。用2个选自家禽基因组的微卫星对180个试验个体进行分析，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳发现，2个微卫星的扩增产物均表现出丰富的多态性。等位基因数分别为4个和5个，杂合度为0.7422和0.7914，多态信息含量分别为0.6467和0.7648。通过最小二乘分析法对微卫星与产蛋性能的相关分析结果表明，两个微卫星的不同基因型鸡的产蛋性能最小二乘均值间差异不显著（P＞0.05）。综上所述，RAPD条带S87-Ⅱ和S98-Ⅰ很有可能可以作为渝西乌鸡蛋重选育的分子标记；S87标记B型鸡与C型鸡、S102标记G型鸡与可能可以作为产蛋性能优良渝西乌鸡个体选留做种用，这些标记是否可以作为分子标记对渝西乌鸡进行选育，有待进一步研究。本研究为在分子水平分析渝西乌鸡生产性能提供了一定的基础资料，为进一步的QTL定位及早日实现分子标记辅助选择提供有利参考，从而通过分子育种技术结合常规选育方法，加速渝西乌鸡新品系的育种进程。