人类社会带来的干扰加速生物多样性的减少,通过系统保护规划的方法识别保护优先区,将有限的保护资源投入到值得保护的区域,以实现保护效益的最大化是有效遏制生物多样减少速率的重要方式。云南省丰富独特的生物多样性引起了全球相关学者的关注。云南省基本建立了布局较为合理,类型较为齐全的就地保护地体系,但仍然存在保护空缺,开展保护优先区的研究能为云南省保护地体系的完善提供科学依据。另外,在数据较为缺乏的情况下,选择何种指示物是基于系统保护规划的理论和方法识别保护优先区时面临的关键问题,选择具有代表性的指示物识别保护优先区并开展保护效率评估,将为指导优先保护地体系的优化提供科学参考。本研究以云南省为例,基于系统保护规划的理论和方法,分别选取重点保护物种(动植物生境)和生态系统(植被类型/亚型)两个层次的生物多样性作为指示物,结合人类干扰指数,基于系统保护规划模型Marxan识别出动植物保护优先区和植被保护优先区,并开展两个保护优先区的保护效率分析研究,确定较优的保护优先区模式,然后以此进行云南省保护空缺分析,指导保护地体系的优化和完善。本研究得到以下结论:(1)云南省保护植物从滇西北、滇西到滇南和滇东南沿边境半环形地带潜在丰富度较高,而保护动物在滇西、滇西南和滇东北潜在丰富度较高。保护动物和保护植物的空间分布格局存在差异,两者不能相互替代;(2)动植物保护优先区和植被保护优先区主要分布于滇西北、滇西、滇南、滇中和部分滇东南、滇东北区域。动植物保护优先区有些沿河流分布,植被保护优先区的空间分布总体较为分散。(3)动植物保护优先区和植被保护优先区空间分布特征与云南省提出的生物多样性保护优先区和张明刚等提出的优先区空间分布相似。动植物保护优先区与这些优先区的空间相似度比植被保护优先区高;(4)动植物保护优先区对生态亚区、植被亚型、保护物种生境和生物地理区的覆盖率均比植被保护优先区高,基于保护物种识别的动植物保护优先区能较好地代表植被保护优先区的保护对象,动植物保护优先区更具有生态代表性,体现更高的保护效率;(5)选择动植物保护优先区模式与云南省保护地体系进行保护空缺分析,保护空缺面积占优先区面积的87.69%,存在较大的保护空缺。本研究结合保护空缺和人类干扰指数的空间分布,提出相关的保护策略。如需加强滇西碧罗雪山、滇南的南滚河、西双版纳热带雨林、滇中的无量山、哀牢山等地区的保护地建设。