非营利组织(NPO)的不断成长为维护社会公平和谐促进我国社会主义市场经济的发展做出了有益的贡献。当前,非营利组织的作用已经得到政府和社会的高度认可。但与此同时,还要看到与我国日益完善发展的市场经济相比,我国非营利组织所发挥的社会作用还远远不够,非营利组织的治理能力亟须提升。据调查,我国45%的公益基金会存在着捐赠收入短缺,独立性和自主性能力不高等问题。本文从非营利组织的自主性角度出发,对涉及到非营利组织治理的相关理论进行归纳、总结,在理论综述的基础上对非营利组织自主性进行概念界定。本文选取公益基金会作为非营利组织的代表,搜集了 200家公益基金会从2010年到2015年的年报和审计、年检等数据,从公益基金会自主性在决策和业务运作两个层面的外部表现出发,即公益基金会理事会中官方背景人员占比和非宗旨业务支出占比来构建公益基金会自主性及其它自变量与组织绩效之间的关系模型。研究发现公益基金会中非宗旨业务支出占比越高,基金会的捐赠收入越低,两者呈现负相关关系,基金会的理事会成员中官方背景人员越多,其捐赠收入越低,大量的官方背景人员任职于公益基金会理事会,不利于组织绩效的提升。本文认为,应加快公益基金会人员任命机制的改革步伐,完善公益基金会人员任用机制,协调政府与公益基金会关系,进一步明确公益基金会理事会成员的职责规范,尽快建立对公益基金会业务活动的信息披露制度和多方监督机制建设,确保公益基金会在阳光下独立、自主的开展活动,更好的发挥其在市场失灵和政府失灵时的公共服务补充作用。