药品关系到人们身体健康，是一种非常特殊的商品。政府一方面要保护制药企业开拓性创新的热情，另一方面，又需要对药品的价格进行控制，降低社会整体医疗费用。因为仿制药价格相对原创药有所降低，各国都出台了政策法规，采取措施刺激仿制药市场的发展。我国的新药研发以仿制药为主。其中，化学仿制药行业起步较早，但由于其仿制难度低，竞争非常激烈，制药企业往往无利可图。在接下来的五到十年，有大量的生物原研药专利到期，生物仿制药作为高水平的仿制药，是我国制药企业面临的巨大机遇。与化学仿制药相比，生物仿制药具有更高的研发难度，也需要更长的研发时间和更高的研发费用，在研发过程中存在着诸多不确定性，在其价格受到原研药价格和竞争限制的条件下，如何对生物仿制药的研发投资做出科学的决策，对我国的制药企业是非常有意义的课题。　　本文以一家设立在上海的生物制药企业为研究对象，希望通过对我国生物仿制药研发投资决策过程与方法的剖析，结合该企业具体的研发投资决策案例，建立起基于实物期权的生物仿制药研发投资决策框架，帮助制药企业今后科学地进行生物仿制药研发投资决策。　　本文第二章首先对项目投资决策的基本理论、常用投资决策方法进行了综述，并结合仿制药的限价条件及研发投资的特点，指出传统的折现现金流法会低估生物仿制药研发项目的价值。相比较而言，实物期权方法更加适用于生物仿制药的研发投资决策过程。作为论文的主体，在文献和理论研究的基础上，本文第三章构建了基于实物期权的生物仿制药研发投资决策框架，说明了构建的具体流程，并分析了其特点。继而，本文第四章应用该框架，对X制药企业某生物仿制药的研发投资决策案例进行了研究，还应用计算机模拟的方法，使用蒙特卡洛模拟软件Crystal Ball，分析了参数变动，尤其是价格变动对决策结果的影响，通过多因素敏感性分析，指出价格确实是影响研发投资决策的重要因素，并进一步分析了价格对决策结果的影响。论文的最后，结合这一研发项目的实际情况分析了该框架的有效性，还指出这一框架在新药专利价值评估、医药外包及政策制定方面的扩展应用。　　在国外，制药行业不仅已经认识到，在新药研发过程中普遍存在实物期权，以折现现金流法为代表的传统投资决策方法会显著地低估研发项目的价值，造成错误的决策，而且行业中不少企业已经或者正在准备在其新药研发项目的投资决策中应用实物期权方法。在国内，虽然理论界对实物期权思想进行了大量推介，但由于其理论复杂，计算繁琐，还很少在企业中实际应用。本文力图将实物期权这一较前沿的思想和方法引入到国内制药企业的研发投资决策中来，为生物仿制药的投资提供科学、合理的方法，从而促进我国生物制药行业的发展。