2003年以来，新一轮农村金融改革稳步推进，农村信用社改革取得阶段性成果，各地区农村信用社的产权关系得到了进一步明晰，公司治理框架得以初步建立，总体运行情况也得到了明显改善。然而，农村信用社治理结构的完善，无论是理论层面还是实践层面均处于初步的摸索阶段。究竟什么样的治理结构才较合理、有助于提高农村信用社的经营效率？对这一问题的解答将决定着农村信用社未来改革和发展的重点和方向。在公司治理的整个结构体系中，股权结构是基础，保持合理的股权结构是实现公司价值最大化的一个最重要的方法。本文采用理论分析与实证分析相结合的方法，以某市农商行改革为典型案例，利用DEA模型及Tobit回归模型分析股权结构因素对经营效率的影响程度，寻找出对经营效率具有较大影响的股权因素，从而得到较为合理的股权结构模式。通过对农村信用社合理的股权结构模式展开分析和探讨，揭示农村信用社未来改革和发展的方向和重点，以期为农村信用社设计合理的治理机制，进一步完善其治理结构，进而提高其经营绩效提供一定借鉴。从长远来看，现有的股权设置条件下的合作制与股份合作制只是一种次优选择，农信社商业化日渐显著，股份制模式是更为有效的产权制度模式选择。