由于弄蝶与其他蝶类在形态学和行为学上的明显区别，以及弄蝶科蝶类种类繁多，有关弄蝶科蝶类的系统分类和其内部各主要分类群之间（弄蝶亚科，花弄蝶亚科，竖翅弄蝶亚科及链弄蝶亚科）的系统发生关系研究比较薄弱，许多问题还一直存在着争议。近些年来，随着相关理论和方法的不断发展，分子系统学为蝶类的系统分类和系统进化研究提供了新的强有力的工具，并在一些研究领域取得了许多重要的研究成果。　　本文利用PCR技术测得黑弄蝶、花弄蝶、斑星弄蝶和云南银弄蝶（A+T富集区未测完）的共4种弄蝶的线粒体基因组全序列。结果显示：几种弄蝶的线粒体基因组成和排列顺序与其他已测蝶类的线粒体基因组相一致。其中，黑弄蝶线粒体基因组长为15341 bp，花弄蝶为15346 bp，斑星弄蝶为15282 bp。四种弄蝶线粒体基因组均包括22个转运RNA基因、13个蛋白质编码基因、1个16S rRNA基因、1个12S rRNA基因和1个A+T控制区。云南银弄蝶因A+T控制区尚未测完，已测得的线粒体基因组序列长度在15000 bp左右。　　黑弄蝶、花弄蝶、斑星弄蝶和云南银弄蝶线粒体基因组分别包含11个（总长179 bp）、17个（总长237 bp）、14个（总长162 bp）和16个（总长201 bp）基因间隔区；基因间分别存在10处（总长25 bp）、6处（总长21 bp）、7处（总长25 bp）和8处（总长27 bp）重叠。四种弄蝶的16S rRNA基因长度分别为1365 bp、1356 bp、1414 bp和1376 bp，12S rRNA基因长度分别767 bp、779 bp、776 bp和775 bp。四种弄蝶绝大部分蛋白质编码基因的起始密码子都是ATN。但黑弄蝶和花弄蝶COI基因的起始密码子较为特殊，以与传统的ATN相迥异的CGA作为起始密码子；四种弄蝶的终止密码子均为标准的TAA，TAG或不完全终止密码子T。黑弄蝶A+T丰富区全长为415 bp，A+T含量为91.4％，花弄蝶A+T丰富区全长为358 bp，A+T含量为94.4％，斑星弄蝶A+T丰富区全长为331 bp，A+T含量为92.4％。　　本文还选取了中国弄蝶科的31个代表物种，对其两个线粒体基因（COI和Cytb）的序列片段进行了序列测定，并进行序列变异以及系统发生分析。经比对和剪切处理后的组合序列长度为832 bp，其中保守位点634个，变异位点198个，简约信息位点146个。其中A+T的含量为72.6％，C+G的含量为27.4％，远远小于A+T的含量，表现出明显的A+T偏倚。另外，对组合序列的相对同义密码子的使用频率进行分析，结果显示：使用频率最高的是TTA，ATT，TTT，ATA和AAT的密码子，共占整个组合序列的40.17％。由于以上五种密码子均只包含A和T，因此说明蛋白质编码基因也同样存在着AT偏倚。　　基于COI和Cytb两个基因的组合序列数据，以茶小卷叶蛾、舞毒蛾和平掌舟蛾为外类群，使用贝叶斯法(BI)和最大似然法(ML)构建了它们的分子系统树，初步探讨它们之间的系统发生关系。本研究所得的BI系统树显示：大部分花弄蝶亚科的物种聚为第一支系；绿弄蝶、双斑趾弄蝶和银针趾弄蝶这三个竖翅弄蝶亚科的物种聚成第二支系；花弄蝶亚科的两个族（花弄蝶族和珠弄蝶族，包括花弄蝶、深山珠弄蝶和珠弄蝶）聚为第三支系，所有的弄蝶亚科的物种组成第四支系。本研究弄蝶科物种的系统发生关系为：（（（（弄蝶亚科Hesperiinae+链弄蝶亚科Heteropterinae）+（花弄蝶族Pyrgini+珠弄蝶族Erynnini））+竖翅弄蝶亚科Coeliadinae）+花弄蝶亚科Pyrginae）。同时，得到的ML系统树也显示与BI树大致相同的结果。