长期以来,为适应我国政府会计预算管理要求,科学事业单位会计核算一直采用收付实现制作为会计确认基础。然而随着我国市场经济体制和公共财政体制改革的深化,政府会计职能逐渐向反映受托责任履行情况和提供决策有用信息转变。收付实现制的会计核算在科学事业单位职能日益变革发展中不断凸显其局限性。自上世纪90年代,以英国、美国和新西兰等为标志的国家进行的权责发生制为基础的政府会计改革,已成为加强政府公共管理、提高财政透明度的重要手段。借鉴国外政府会计核算改革的经验,我国事业单位会计制度也随着政府职能的转变进行了一系列的权责发生制核算探索和改革。顺应事业单位会计制度改革的政策环境,加之科学事业单位职能转变的管理需要,引入权责发生制是科学事业单位会计核算的必然趋势。2013年最新印发的《科学事业单位会计制度》在改革中明确引入了责权发生制核算的理念,但与科学事业按科学事业单位业务特点相结合的责权发生制会计核算和全成本核算仍是亟待探讨的课题。本文通过对当前收付实现制科学事业单位会计核算存在的问题进行分析,并对收付实现制和权责发生制两种会计确认基础的特点和优缺点进行了比较,提出权责发生制基础是科学事业单位会计核算改革的必然趋势。立足于科学事业单位单位性质和业务特点,认为在当前政策环境下,应采用收付实现制与权责发生制相结合的核算基础。文章借鉴西方国家政府会计和我国事业单位会计权责发生制改革的成功经验,结合科学事业单位业务职能,尝试探索构建一套适用于现阶段科学事业单位科学研究成本核算和财政经费预算管理的会计核算体系,为科研工作绩效评估奠定基础,真实反映科学事业单位资产财务状况。