为了了解湖羊三个不同种群之间的遗传结构并开展接下来的保种工作,本文利用RAPD分子标记技术,对安徽省的三个湖羊种群进行多样性检测,分析了群体间的遗传多样性以及群体内部的个体差异。根据已有文献进行参考,挑选出25个多态性强条带多的随机引物,实验过程中筛选出10个重复性好条带清晰的多态引物进行RAPD分析、对3个场共96头湖羊基因组DNA分别进行扩增,根据Shannon多样性指数计算群体遗传多样性,Nei氏公式计算品种间的遗传距离指数,挑选特异性强的片段进行测序,并进行BLAST分析。10个引物产生不同程度多态性标记,这10个引物共得到DNA扩增片段61条,各引物最少扩增出4条片段,最多8条,平均每个引物扩增出6条DNA片段,片段长度大小在500到2000 bp之间。整个群体的多态位点数共52个,占总位点数85.25%。其中周氏羊场内多态位点为47个,占77.05%;云兴羊场多态位点为44个,占72.13%;玉山羊场内多态位点数为47个,占77.05%。结论:(1)周氏羊场湖羊种群中Nei’s基因多样性指数为0.2949,shannon信息指数为0.4340。云兴羊场湖羊种群中Nei’s基因多样性指数为0.2941,shannon信息指数为0.4348。玉山羊场湖羊种群中Nei’s基因多样性指数为0.2815,shannon信息指数为0.4135。以种群内两两个体间的多样性指数来比较,及遗传多样性的大小顺序为周氏羊场>云兴羊场>玉山羊场。(2)周氏羊场和云兴羊场两个种群间的遗传相似性指数为0.9832;遗传距离为0.0169,周氏羊场和玉山羊场两个种群间的遗传相似性指数为0.9631;遗传距离为0.0379,云兴羊场和玉山羊场两个种群间的遗传相似性指数为0.9658;遗传距离为0.0348。(3)三个种群的相似度有变异,其中周氏羊场和云兴羊场相似度更大。(4)试验所得片段序列与大角羊OVIS分离出的43u染色体1、3、8、12、17、23、24序列和西藏牦牛分离出的5、16、17、24号染色体相似度高。