叶绿体DNA序列信息是转化和进化分析的基石,但是截止到2012年12月25日植物界已报道的叶绿体基因组信息仅有292条,阻碍了叶绿体基因组学的发展。获取叶绿体基因组的传统方法需要首先分离、纯化叶绿体DNA,但是这种方法较为麻烦、耗时较长、难度较大。随着高通量测序技术的快速发展,越来越多植物全基因组测序完成。本实验在已有研究的基础上,优化出一种简便快捷的叶绿体基因组DNA序列获取和拼接方法：以叶绿体基因组的高度保守性为根据,利用Illumina HiSeq2000测序平台获得全基因组短序列提取叶绿体DNA,进而进行De Novo拼接,并根据Pair-end和序列位点信息进行补洞,从而组装出尽可能完整的叶绿体基因组序列。本研究基于几个实际测序数据进行了测试和分析,具体结果如下：1.以野生稻(Oryza rufipogon)东乡全基因组数据为材料,组装得到4条scaffolds,对参考基因组(越南野生稻叶绿体基因组序列)的覆盖度达到100%；2.以野生大豆(Glycine soja)兰溪1号、半野生大豆(Glycine gracilis)永康1号全基因组数据为材料,分别组装得到5条、9条,对参考基因组(栽培大豆叶绿体基因组序列)的覆盖度分别是100%和97%；3.以稗草(Echinochloa oryzicola) STB00的全基因组数据为材料组装得到103条scaffolds,对参考基因组(柳枝稷叶绿体基因组序列)的覆盖度为76%；4.利用大豆叶绿体分类和叶绿体SSRs多态性结果对兰溪1号的拼接结果进行验证,得到的结果与前人报道结果一致。本研究为获取叶绿体基因组序列提供了新的策略,但是具有一定的局限性。5.叶绿体基因组数据驯化分析结果显示：粳稻由中国普通野生稻驯化而来；澳大利亚普通野生稻与澳大利亚南方野生稻亲缘关系较近；半野生大豆可能是由野生大豆和栽培大豆杂交而来；稗草虽然形态上与水稻相似,但是进化上与玉米分支更近。