论文部分内容阅读
黄河高原鳅(Triplophysa pappenheimi),隶属于鳅科(Cobitidae),条鳅亚(Nemac heilinae),高原鳅属(Triplophysa)。本研究以我国西部黄河流域不同水域的黄河高原鳅(Triplophysa pappenheimi)种群为研究对象,利用线粒体DNA控制区(D-loop)序列与细胞色素b基因(Cytb)序列,分析不同生境或水系黄河高原鳅种群的遗传多样性组成,初步探讨了不同水域黄河高原鳅种群间的遗传组成和结构。其次,对其近缘种硬刺高原鳅的线粒体全长序列进行测序和分析,对比NCBI已公布黄河高原鳅序列,比对分析其结构特征,旨在理解黄河高原鳅的遗传组成,为该物种资源的合理利用和有效保护提供理论依据。论文主要研究结果如下:(1)采用细胞色素b基因序列对不同水域黄河高原鳅种群进行序列分析,研究不同水域黄河高原鳅的遗传组成和变异。结果表明:比对后获得黄河高原鳅细胞色素b基因序列序列长为1140 bp,共检测到多态位点52个,其中简约信息位点20个,定义单倍型37个。黄河高原鳅种群碱基相差不大,T、C、A、G平均含量分别为32.3%、25.4%、26.0%、16.3%。黄河高原鳅不同群体间呈现较高的单倍型多样性与较低的核苷酸多样性的型式。(2)采用线粒体DNA控制区序列对不同水域黄河高原鳅种群进行序列分析。结果表明:比对后获得黄河高原鳅D-loop序列长为943 bp,其中多态位点为30个,简约信息位点18个,单倍型为33个。T、C、A、G平均含量分别为32.7%、21.6%、32.3%和13.4%。不同黄河高原鳅种群单倍型与核苷酸多样性趋势与Cytb基因所表现趋势类似。(3)对不同黄河高原鳅种群的Cytb基因与D-loop序列进行分析,构建黄河高原鳅种群的NJ聚类树。结果表明,不同的黄河高原鳅种群有部分个体聚为一个分支,但不同单倍型相互混杂在一起,每个种群不能聚成完全独立的分支。该聚类方式在Cytb和D-loop序列构建的聚类树中均有出现,表明不同黄河高原鳅种群的遗传关系可能较近,单倍型聚类与种群分布位置无明显相关。(4)对黄河高原鳅与硬刺高原鳅线粒体基因全长序列结构进行比较分析,结果表明:黄河高原鳅与硬刺高原鳅序列全长分别为16572 bp和16570 bp,四种碱基含量近乎相同,A+T的含量分别为56.5%和56.7%,与脊椎动物线粒体基因组的碱基组成类似。编码蛋白质的基因片段长度相同,表明线粒体该编码基因的保守性。黄河高原鳅和硬刺高原鳅的12S rRNA基因和16S rRNA基因均位于tRNA-Phe和tRNA-Leu1之间,两种高原鳅12Sr RNA基因片段长度相同为951 bp,黄河高原鳅的16S rRNA基因为1678 bp,硬刺高原鳅的为1679 bp;两种高原鳅均含有22个tRNA基因;控制区(D-loop)均位于tRNA-Glu基因和tRNA-Phe基因之间,黄河高原鳅D-loop区全长为947 bp,硬刺高原鳅D-loop区全长为944bp;