地方保护是我国经济转型过程中面临的重大问题之一。我国在市场化改革之初,地方保护对地方经济的快速增长和市场化进程起了积极的促进作用。但随着改革的深入,它干扰了经济的正常发展,不利于实现全社会资源的最优配置和产业结构的调整升级,阻碍了社会主义市场体系的建立,不适应经济全球化和我国加入WTO的需要。本文在前人研究的基础上,从地方保护的渊源入手,分析了我国地方保护的基本特征是以公共权力为基础,以地方利益为诉求,以保护市场为主要表现形式。指出地方保护是我国现有行政管理体制、财税分配制度、地方政府及官员绩效考评制度等制度安排均衡的结果。通过运用博弈论,建立地方政府间完全信息的静态和动态博弈模型及中央与地方政府间的博弈模型,对这种均衡进行了描述。然后,讨论了地方保护对我国经济增长、市场化进程、产业结构、企业竞争力和社会发展诸方面的影响。最后,提出规范中央与地方政府之间的分配关系,转变政府职能,通过法律制度、管理制度、产权制度、财税制度、区域经济发展制度等的创新来界定中央与地方政府之间的事权、理顺政府与企业之间的关系,协调地方经济的平衡发展来抑制地方保护,促进全国统一大市场的形成。