始于1994年的我国上市公司退市制度经过二十多年的发展建设已经较为完善。但是,我国市场上侵害中小投资者权益的事件仍然时有发生,尤其在上市公司退市的过程中,此种现象更为严重。中小投资者在上市企业退市的过程中对制度完善、法律保护和事后追偿权的诉求就更为强烈。本文对国内外的退市制度、退市标准、退市程序等进行分析比较,得出不同国家在退市制度设计上的异同之处,通过分析发现,我国退市制度和国外退市制度相比标准不够多样化,在实际操作层面存在问题,缺乏执行效率,和其他法规的配合程度不够。同时从*ST博元和东南融通两个具体案例出发,通过对比分析的方法得出,目前我国在上市公司退市的过程中对中小投资者权益的保障存在一些缺陷和不足。不足之处主要体现在事前监管体系不够完善;事中处理效率低下,处理时间冗长;事后中小投资者维权无门,追偿机制存在缺陷。结合国外经验和国内现状,本文认为想要对上市公司退市中中小投资者权益进行保护,就要从法律层面、监管层面、投资者自身层面进行完善和补充,建立一系列事后的补偿制度,以此保护中小投资者在上市公司退市过程中的合法权益。