微山湖主要位于山东省微山县境内，它贯穿京杭大运河，是北方最大的淡水湖又是南水北调工程的重要部分。微山湖物产丰富，日出斗金。丰富的生物饵料使得微山湖成为重要的养殖基地。　　由于长期的水产养殖，污水排放，微山湖的水质发生了一定程度的污染，尤其是养殖区水域。细菌群落结构对湖泊生态系统的物质循环和能量流动起着非常重要的作用，所以微山湖湖泊生态环境中的细菌群落多样性的分析为通过细菌的环境修复功能改善微山湖的生态环境奠定了理论基础。本研究对微山湖养殖区和非养殖区水和沉积物分别采样。通过对其环境参数的测定来分析这两个区域的水质污染状况。采用DGGE和16SrDNA建库相结合的方法来研究养殖区和非养殖区的沉积物中的细菌群落结构。采用分离培养的方法研究了微山湖养殖区的可培养细菌的细菌多样性。　　环境参数分析结果显示：微山湖养殖区水质处于中度富营养化状况，定性为中度污染；非养殖区水质处于轻度富营养化状态，定性为轻度污染。DGGE和16SrDNA建库相结合的实验结果显示：变形菌门、疣微菌门和拟杆菌门是养殖区和非养殖区所共有的三大菌群，其中β-变形菌纲在这两个区域都是含量最丰富的菌群。养殖区的细菌种类含量要比非养殖区的丰富，如绿弯菌门、酸杆菌们、螺旋体们和绿菌门在养殖区的类群较多。养殖区的可培养细菌类群主要集中在变形菌门、厚壁菌门和放线菌门，可培养细菌的种类不足总数的1％，并且在微山湖较复杂的环境中含有大量的未知种类细菌还有待发现和研究。