在经济全球化和科技日益显示其突出作用的今天,创新已成为企业发展壮大,经济繁荣,社会进步的巨大动力,而自主创新又是决定地区经济长期持续发展的重要因素,是影响地区经济增长和地区竞争力的关键因素,因此如何选择适合本地区企业自主创新的模式和提高企业自主创新能力已成为当今各国各企业都十分关注的焦点。本文在回顾国内外对于自主创新理论的相关研究的基础上,简要分析了自主创新的基本定义、涵义、特征,以及自主创新模式的三种分类,并在此基础上介绍和评价了2008年新疆大中型企业技术创新现状,最后以我国除去西藏、海南、香港、澳门和台湾的29个省,自治区,直辖市2008年大中型企业科技活动的数据为样本和2003年到2008年六年的新疆大中型企业科技创新活动数据为样本,运用灰色分析方法和GM(1,N)动态协调模型,使用DPS软件对我国29各省、自治区、直辖市的大中型企业自主创新影响因素进行分析并排序,并重点对新疆大中型企业的自主创新进行分析研究。实证结果表明:新疆大中型企业自主创新在全国的排序是比较靠后的,自主创新能力不够,与发达地区企业的自主创新能力水平还有很大差距,文章还针对新疆近五年来的自主创新的影响因素进行了科学分析,得出各影响因素的排序,找到影响和制约我区大中型企业自主创新的主要制约因素,从而为我区对大中企业自主创新模式的选择提供了很好的依据,为提高企业自主创新能力提供了建议。在实证研究的基础上,本文分析了影响新疆大中型企业自主创新的原因,并对此提出了新疆企业自主创新模式选择的依据和提高企业自主创新能力的对策建议。最后,文章对后续研究进行了展望。