改革开放以来,我国高等教育事业取得了长足的发展,但是相对世界发达国家的高等教育来说,我国的高等教育还是比较落后,各种问题层出不穷,尤其是政府对高校的管理方面,突出表现在政府宏观层次管理不足,微观层次干预过多,主要归因于政府管理方式的错位,政府的权力不受约束,对高校实行全面管理,表现以正面清单模式,限制高校自主办学。解决对策是纠正政府管理方式的错位,即在政府对高校的管理中,对于政府的权力(公权力)用正面清单管理模式,对于高校的权利(私权利)用负面清单管理模式。在政策方面,十八大三中、四中全会,明确提出深化改革、简政放权、依法治国的要求,在经济领域实行负面清单管理模式。我国自贸区负面清单自2013年施行以来,取得了可喜的成果。相应地,在高等教育领域,政府对高校的管理也在相关政策中提到实行负面清单模式,而具体的顶层设计和实践仍在探索阶段。本研究以构建政府管理高校的负面清单模式为主题,在阅读大量关于政府管理高校、自贸区负面清单等文献、梳理相关政策法规的基础上,分析得出政府管理高校的负面清单模式遵循着“法无禁止即可为”的法理,一方面划清了政府与高校的权力界限,另一方面赋予了高校巨大的自主办学空间。进而依据大学自治与学术自由、治理与善治理论,对比美国的高等教育中政府对高校的管理经验,构建出我国政府对高校的负面清单管理模式的基本框架,并对实施中的要点进行了阐述,指出相关配套改革措施必须在负面清单发布前实施,政府对高校的权力清单必须与负面清单同时公布,第三方中介组织需要及时组建,相关法律法规也需要及时得到修改和完善。最后,对我国政府管理高校走向负面清单模式的障碍从政府、高校、社会三个层面进行了分析,并提出相关破解之道。