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本研究以高巍原生质体单核化技术得到的金针菇单核菌株L11与W23为出发菌株,二者杂交获得的1123出菇后获得单核作图群体,结合本实验室李博筛选到的两株测试菌株53和77,构建了两个测交分离群体,并进行出菇实验,对一系列的性状进行了测定。以L11,W23,1123三个菌株的DNA为模板,筛选RAPD引物,将在亲本间产生的特异性条带回收纯化、克隆、测序,最终将RAPD标记转化为稳定的SCAR标记。本研究共筛选RAPD引物923个,选择回收了239条特异性条带,成功克隆测序181条,据此设计SCAR引物93对,最终有11对SCAR引物符合要求,引物验证成功率为11.8%。将L11与W23的全基因组进行测序,并进行序列的拼接、组装,通过二者基因组序列的比对,寻找差异区域,据此设计显性的SCAR标记引物。本研究通过这种方法设计SCAR引物116对,经过对L11、1123与W23的DNA进行PCR扩增初步验证和作图群体PCR扩增后排除严重偏分离的引物,最终有51对引物符合要求,引物验证成功率达到44.0%。以本研究中获得的62个SCAR标记对作图群体进行PCR扩增,统计最终结果,结合高巍、李博获得的金针菇SCAR标记,设置LOD=3,max distance=37.2cM,用软件Mapmaker 3.0分析标记间的遗传连锁关系,有73个标记连锁,构成11个遗传连锁群,总长度为1639.9cM,连锁群长度范围:16.5cM～569.9cM,连锁群的标记数目分别为21,16,9,6,6,3,3,3,2,2,2,相邻两标记间的的平均距离为22.5cM,标记间距离较均匀。结合构建的遗传图谱,用QTL Network-2.1软件对测定的数量性状数据进行QTL定位分析,检测到两个单核菌丝在栽培料培养基上生长速度的加性效应位点,位于W23的2号和L11的4号连锁群上,贡献率分别为14.71%和14.15%。另外,还检测到一对影响以77为测试菌株构建的测交群体菌株产量的上位效应位点,加性效应贡献率为28.65%。