农民专业合作经济组织在我国呈现出蓬勃发展的态势,对我国农村、农业的发展,农民的增收致富起到重要的促进作用,为国家三农政策的贯彻和执行提供了一个较好的平台。我国政府陆续出台了一系列促进农民专业合作经济组织发展的扶持政策,并取得一定成效。但大部分优惠措施均体现在资金补贴、信贷支持、项目扶持等方面,且都是临时性规定,而未形成规范的、系统的扶持政策体系。在合作组织稳步发展的状态下,制定规范系统的税收优惠政策体系,既有利于促进农民专业合作经济组织的健康发展,也有利于体现税收政策和税收制度的固定性、权威性和统一性。本文全面整理我国农民专业合作经济组织税收政策和税收制度,通过层次分析法对其有效性进行评价和分析。以集体选择理论和交易费用理论等为基础,对农民专业合作经济组织进行定性分析,并借鉴外国政府在支持农民专业合作经济组织上的政策经验,对我国农民专业合作经济组织的税收政策和税收制度从合作组织自身、合作组织中社员、合作组织经济交易关联方三个方面入手进行了税制构想。