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长兴扬子鳄自然保护区扬子鳄圈养种群的数量为459只,其中F0代7只、F1 代214只、F2代238只。随着圈养种群繁育后代重引入工程的启动,重引入种群奠 基者的选择,以及重引入区的选择等工作,已成为此项工程的当务之急。 本论文利用线粒体DNA控制区和微卫星两种标记,对长兴扬子鳄种群进行 了遗传多样性研究。同时,利用原子吸收分光光度法,对该保护区扬子鳄圈养基 地的环境金属背景值与重引入区（桃花沟）的环境金属背景值进行了比较分析, 期能为长兴扬子鳄自然保护区重引入种群的奠基者选择和重引入区的确定,提供 科学依据。 1.线粒体DNA控制区非重复片段的序列分析显示,长兴扬子鳄种群共享一个线 粒体单倍型。线粒体DNA控制区中存在着可变数目串联重复序列（VNTRs）, 且其VNTRs是圈养种群线粒体DNA控制区的唯一变异区。 2.长兴扬子鳄线粒体DNA控制区的VNTRs区域长676—785bp,由5种长为 21-22bp的特异motif构成,在32个样品中,重复数在31—36次之间。5种motifs 之间的序列非常相似,与美国密河鳄mtVNTRs区域的motifF十分相似。这可能 意味着两个物种的mtVNTR.区域起源于共同的祖先复制单元。扬子鳄 mtVNTRs的5’与3’端重复序列非常保守,但中间的重复序列变异较大,与被 称之为"edge effect"的定义相吻合。该结果可能是长兴扬子鳄种群mtDNA控 制区的进化特性。 3.扬子鳄的mtVNTRs变异性很大,32个样品中共检测到17种VNTR类型。对17 种VNTR类型进行多重比较分析后发现,这些VNTR类型在每—繁殖代中呈 现出很大程度的随机突变,且这种突变随着世代的增加而增加（F2代12种 mtVNTR类型,Fl代6种mtVNTR类型）。由于长兴扬子鳄人工圈养的时间较 短,这种长度多态性在该种群中的同质化与固定还需要一定的时间.因此, 本研究指出:mtVNTRs尚不能作为扬子鳄种内遗传分化检测的有效分子标 记。 4.利用22对源于美国密河鳄的微卫星位点,扩增出扬子鳄长兴种群的21个微卫 星位点,并从中筛选出8个多态性微卫星位点。32只个体经微卫星检测后,