这篇论文包含两个部分的工作:拟南芥中的PAP特异磷酸酶(AtAHL)的三维结构预测和α蛋白折叠速率与序列的关系研究.1.拟南芥中的PAP特异磷酸酶(AtAHL)的折叠识别与结构预测;通过现有的序列同源性比较、二级结构预测、三维结构预测和模拟方法,得到了拟贡芥中的PAP特异磷酸酶的三维结构.这是一种与酵母中的Hal2p蛋白质类似,并且N端为α+β,C端为α/β结构域的多结构域蛋白质.分析预测所得到的拟南芥的PAP特异磷酸酶的结构,发现了Mg<2+>等金属离子的结合位点,推测了对Na<2>敏感的结构基础.这些结合位点与其生化功能相关.而且,通过结构与功能分析,证实了PDB中已有拟南芥中的PAP特异磷酸酶理论结构的不合理性.我们的工作表明,在有很多结构预测工具可用的条件下,综合考虑序列、结构和功能等多方面的因数仍然是预测成功的决定性环节.2.与α螺旋小蛋白质折叠速率相关的一个简单的序列参数;他人的研究证明,对于以两态方式折叠的小蛋白质,它们的折叠速率的对数与某些简单参数线性相关.而这些参数又只与它们的天然结构有关,如像接触序(contact order,CO)、长程序(long-rang order,LRO)和全接触距离(total contact distanc,TCD).这些参数中,计算CO和TCD要用到结构中所有原子的坐标.我们的研究表明,如果只用α碳原子的坐标,仍能得到相当的相关系数(-0.867).这说明,决定折叠速率的主要因数与天然结构的细节无关.我们进一步分析了氨基酸序列与折叠速率的关系.发现如果只考虑α蛋白,一个简单的氨基酸序列的函数HP与折叠速率的对数线性相关.参数HP主要是描述序列中疏水残基分布的一些局部特征,疏水残基越多,分布越集中,HP的数值就越大.这表明,α蛋白的折叠以疏水相析出为主要特征.