海南山猪是选用海南野公猪与海南屯昌母猪杂交后经人工选育改良的新类群。海南山猪肉质鲜嫩,营养价值高。海南屯昌黑猪具备抗病力强、皮薄肉嫩的特点。本研究通过测定海南山猪与海南屯昌黑猪的肌纤维、脂联素基因和遗传距离等方面,对其进行数据分析整理,分析机体的差异;对海南山猪和海南屯昌黑猪的肌肉进行高通量测序分析,筛选与肉质相关的差异表达基因,为海南山猪的科学饲养管理和扩繁等研究提供理论基础。结果如下:(1)海南山猪的肉色、PH值、滴水损失、大理石纹和挥发性风味物质等多项指标均符合中国优质猪肉质标准,肉质优良,表现为高蛋白低脂肪的肉质特性。(2)脂联素基因差异性证实了海南山猪与屯昌黑猪之间的肌肉差异性,研究中也发现了碱基不同的突变类型。同时海南山猪的COXⅠ基因过于分散,无法形成特定的DNA条形码,说明海南山猪品种与地方猪种的差距不大。(3)海南山猪与屯昌黑猪通过测序分别获得206026453条和201015974条Clean Data,与参考基因组进行比对后,比对效率从83.20%到86.82%不等。将差异表达基因与NR、Swiss-Prot、GO、COG、KOG、Pfam、KEGG、egg NOG数据库进行序列比对后,注释到的总差异表达基因数目为805。GO数据库注释到的基因最多,占92.9%,COG数据库最少,仅有221个,占27.5%。在GO数据库中,形成了60个差异表达基因通道。通过与KEGG数据库分析比对后得到了249个富集通路。(4)筛选出基因MYOD1、PPP6R3、PPP1R3、USP20、USP33、SLC2A4,推测可作为候选基因或基因家族。综上所述,本研究对两猪种的肉质性状分析比对,证实了海南山猪符合中国优质猪标准,具备高蛋白低脂肪的特点,并鉴定了海南山猪的遗传距离;运用转录组测序技术对背最长肌的差异表达基因进行了筛选,通过使用功能注释软件和GO通路富集等数据库分析,筛选了差异表达基因和信号通路,并通过q PCR验证了结果的可靠性,初步将MYOD1、PPP6R3、PPP1R3、USP20、USP33、SLC2A4基因或家族基因确认为候选基因或基因家族。为海南山猪的科学饲养管理和扩繁等研究提供了理论基础。