哲罗鲑(Hucho taimen)和细鳞鲑(Brachymystax lenok)是我国重要的冷水性鱼类，其营养价值高、味道鲜美，已拥有了良好的的市场。哲罗鲑()与细鳞鲑(♂)的人工繁育已获得成功，由于杂交种继承了细鳞鲑易开口、摄食好的特性，同时也继承了哲罗鲑生长迅速、个体大的优势，杂交种表现出抗病力强，生长快的杂交优势，具有很大的开发应用和科学研究潜力。杂交种外型与哲罗鲑相似，不易通过外表区分，养殖时易造成种质混杂现象，因此本研究目的之一是采用形态差别和分子标记建立杂交种与哲罗鲑种质鉴别技术。哲罗鲑是优质的养殖种类，但通过前期研究表明，目前，黑龙江流域野生哲罗鲑的资源量逐年降低，致使哲罗鱼群体内基因交流较小、群体内近交现象严重,群体遗传多样性水平呈下降趋势,尤其是呼玛河哲罗鲑群体，其资源量每年不足200kg，群体遗传分化和近交压力严重，亟需采取相应措施来改善哲罗鲑的濒危状况。在前期的研究中，研究人员对哲罗鲑实现了规模化养殖，并在呼玛河进行了增殖放流，但放流的效果对资源量、群体遗传多样性的修复效果未进行评估，因此本研究的第二个目的是采用分子标记对哲罗鲑、细鳞鲑及杂交种（哲罗鲑×细鳞鲑♂）的遗传结构和形态差异进行分析、判别，为杂交育种培育高产、优质的改良品种提供理论基础，并对呼玛河哲罗鲑增殖放流效果进行初步评估。运用SRAP技术对哲罗鲑、细鳞鲑及杂交种（哲罗鲑×细鳞鲑）的遗传结构进行了分析。结果表明：（1）哲罗鲑群体和细鳞鲑群体迁移率相同的位点分别占所扩增条带的48.29%和48.53%，表明二者在遗传结构上具有较大的相似性。杂交群体所扩增的位点中，哲罗鲑群体特异位点为30.30%，细鳞鲑群体特异位点为25.54%，两群体共有位点为39.39%，属两性融合生殖。（2）3个群体多样性水平从高到低排列为细鳞鲑＞杂交种＞哲罗鲑，并且杂交种表达出一定的杂种优势；（3）检测到种间特异位点53个，将这些特异位点部分组合，可以有效进行杂种鉴定；（4）杂交种与哲罗鲑和细鳞鲑的遗传距离分别为0.2553和0.3858，表明杂交种与两亲本群体的遗传差异是不对等的，偏向母本一方。通过形态学和框架分析法对哲罗鲑、细鳞鲑及杂交种(哲罗鲑×细鳞鲑♂)的形态差异进行了分析和判别。可量性状数据和框架数据的聚类分析、判别分析和主成分分析显示,杂交种在体型上偏向于哲罗鲑母本；7个主成分显示，三者主要在头部、体高、鳍条长度上存在较大的形态差异；经判别分析构建的判别公式，只需测量11个性状参数即可有效区分杂交种,判别准确率达100%，为今后杂交种的鉴定提供可靠的判别依据。呼玛河是我国目前少数几个还有哲罗鲑生存的水域之一，但资源极度濒危，从2007年开始渔政部门在呼玛河进行哲罗鲑的增殖放流，本项目于2011年对增殖放流效果进行初步评估。采用30对微卫星标记分别对2002年HM（呼玛）群体和2011年呼玛采样群体WZ（呼玛）及增殖放流个体的亲本HT（虎头）、HT4L（虎头）进行遗传分析。通过Structure软件对84个个体进行遗传组分分析，Phylip3.69软件和MEGA4.0软件对84个个体进行聚类分析，确定WZ1、WZ2、WZ6、WZ13等4个个体为放流个体。2011年采样WZ（呼玛）群体的遗传多样性高于2002年采样HM（呼玛）群体，说明呼玛河哲罗鲑群体的遗传多样性有所提高，增殖放流对于未来成熟个体在自然条件下繁殖后代、个体间基因的交流能够起到有效的促进作用。通过对以上工作的研究开展，我们从杂交种的遗传结构分析和形态差异鉴定两个方向对杂交育种工作提供了有力的基础数据支持，对呼玛河哲罗鲑增殖放流效果做了初步评估，为相关部门对增殖放流工作的进展提供了理论数据，对进一步扩大放流规模具有可行性的参考价值。