斑鳜（Siniperca scherzeri）是我国著名的经济淡水鱼类之一，对生态系统的稳定性也具有调节作用。随着我国经济发展，过度捕捞和环境污染使野生斑鳜数量急剧降低；近些年斑鳜的养殖业迅速发展，易造成养殖斑鳜遗传多样性单一；人工增殖放流可能导致野生斑鳜的种质受污染。因此，保护野生斑鳜资源刻不容缓。本文通过测定了中国7条水系10个地理群体176尾斑鳜的线粒体细胞色素b基因全序列，分析斑鳜遗传多样性、遗传分化以及种群动态，旨在为野生斑鳜的种质资源管理和保护提供理论依据。主要结果如下：1、176尾斑鳜线粒体细胞色素b基因1141bp，其中变异位点109个，占全部核苷酸9.5%。4种碱基平均含量分别为A=24.54%，T=27.53%，C=32.53%，G=15.4%，出现反G偏倚。2、在系统树上，10个地理群体176尾斑鳜分为5个谱系，每个谱系具有一定地理分布范围。谱系1由全部韩江上杭、多数闽江建瓯、多数长江池州和少数钱塘江千岛湖个体组成；谱系2由广元群体组成；谱系3由南岳坡、桂平、英德的全部个体和池州少数个体组成；谱系4由丹东和淇县群体构成；谱系5由多数千岛湖和少数建瓯个体组成。3、就7条水系而言，长江存在3个谱系，钱塘江和闽江涉及2谱系，其他水系均只有1个谱系。5个谱系间的遗传距离在0.009-0.061之间，分化系数Fst在0.93034-0.98082之间，谱系间分化较大。除了谱系2和3外，其他谱系间的差异达到亚种甚至是种的水平。谱系3内长江南岳坡和珠江桂平间Fst为-0.00637，遗传分化最小，基因交流不受限制；谱系4内鸭绿江丹东和海河淇县群体间Fst为0.15208、谱系1内闽江建瓯和韩江上杭群体间Fst为0.20324，均为中度分化，可进行一定的基因交流。其他群体间均高度分化，基因交流受阻碍。长江上、中、下游存在地理隔离，分化明显。分子方差分析表明，把整体斑鳜分为7组，每组代表一条水系时，水系间的变异程度为61.22%，水系内群体间为28.27%,群体内个体间的差异为10.51%；；剔除掉少数池州、千岛湖和建瓯个体后,仅根据每个地理群体的主体谱系按水系分组的分子方差分析显示，水系间变异为67.74%，水系内群体间为29.84%，主体群体内差异为2.42%；表明我国斑鳜的遗传差异主要来自于水系间和群体间。4、全部样品总的单倍型多样性（Hd）为0.928±0.008，核苷酸多样性（Pi）为0.03288±0.00579。在10个地理群体主体谱系中，谱系5的千岛湖(Hd为0.0858±0.063，Pi为0.00237±0.00007)和谱系3桂平（Hd为0.914±0.079，Pi为0.00164±0.00065）的遗传多样性高，最低为谱系2广元Hd和Pi为0。在176尾斑鳜中，检测到34个单倍型，其中有5个是共享单倍型，其余是各个群体所特有。5、核苷酸不配对分析和Tajima’s D和Fu’s中性检测分析表明，谱系1的中性检验为负值但P值不显著，核苷酸不配对分析图为双峰；谱系2中性检验为正值；谱系3、4、5的Fu’s都为负值但不具统计学意义，核苷酸不配对分析图为双峰或多峰，说明5个谱系在历史上未发生明显种群扩张事件。10个群体主体谱系表明，珠江英德群体曾经发生过明显的种群扩张，扩张时间为23.5万年左右，相当于更新世晚期。6、在5个谱系中分别选取桂平、广元、建瓯、千岛湖和丹东5个斑鳜群体作为管理保护单位进行重点保护。